空间转录组学联合单细胞转录组学揭示卵巢癌生存相关受配体对

卵巢癌，作为女性生殖系统中的一种常见恶性肿瘤，其高级别浆液性卵巢癌（HGSC）亚型尤其致命。尽管多数患者对初次治疗反应良好，但超过75%的晚期HGSC患者会在治疗后复发，并且对化疗药物产生耐药性。然而，在这些患者中，有15%的人能够成为长期存活者（LTS），他们的生存期超过10年，这些长期存活者（LTS）的存在，为卵巢癌的治疗提供了宝贵的启示。

关键发现

利用空间转录组学技术，研究人员揭示了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中与患者长期生存相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型及其与肿瘤细胞间的特定配体-受体交流模式，为卵巢癌的治疗和预后评估提供了新的分子标志物和潜在靶点。

MIA分析：联合单细胞转录组和空转分析

作者使用MIA（multimodal intersection analysis）方法联合公开单细胞转录组和空转分析分析，首先计算单细胞转录组每个细胞类型的marker差异基因，再计算每个空转cluster的差异基因，把空转和单细胞共同的基因作为背景基因，然后用超几何分布方法抽样计算每个空间cluster中富集到的细胞类型。
空转肿瘤区域的定义：富集到的上皮细胞类型P值 < 1e-9
空转Stroma区域的定义：肿瘤cluster外的其他cluster

CAF异质性：肿瘤微环境中的关键角色

研究中特别关注的是癌症相关成纤维细胞（CAF）的异质性。CAF是肿瘤微环境中的关键细胞类型，它们通过分泌生长因子和细胞因子影响肿瘤细胞的行为。通过空间转录组学分析，研究人员发现了与患者长期生存相关的特定CAF亚型。

配体-受体交流：肿瘤-基质界面的分子对话

进一步的分析揭示了肿瘤-基质界面上配体和受体之间交流的异质性。研究中发现，APOE-LRP5配体-受体对在STS患者的肿瘤组织中显著增加，而在LTS患者中则较少见。这种交流的增强可能促进了肿瘤细胞的增殖和存活，从而影响了患者的预后。

多重免疫荧光验证APOE-LRP5配体-受体通讯

结论：为卵巢癌治疗提供新的分子靶点

这项研究的空间转录组学分析揭示了与HGSC患者长期生存相关的肿瘤微环境中的CAF-肿瘤交流信号网络。这些发现不仅增进了我们对卵巢癌肿瘤微环境复杂性的理解，而且可能有助于识别新的预测生物标志物和治疗靶点。