群体遗传-在基因组水平探测选择信号的各种方法

如XP-EHH、XP-CLR、fst

参考来源群体遗传|根据SNP验证自然选择-XPCLR分析 (qq.com)

参考牛津大学Nick Hardin写的python3版本的XPCLR程序

XPCLR 英文全称是cross-population composite likelihood ratio ,跨群体的符合似然比检验，探究群体内多等位基因频率差异的方法。

中性突变，是指基因中碱基的变化会导致多肽链相应位置氨基酸的改变，但是并不影响蛋白质功能的改变。如果不考虑对生殖不利的话，就无所谓是有利还是不利的“中性突变”。

 

SFS，英文全称是Site frequency Spectrum，基于多位点频率的探测方法。

灰色圆圈代表中性突变位点，黑色则代表兴趣位点，从图一到图6多位点频率随之增加，SFS由低到高，兴趣位点在群体中的频率越来越高，其临近位点的多态性也变得保守。

 

CLR只是探测群体内得SFS，无法计算群体间得所以有了XPCLR。