摘要：
NLTK 大概是最知名的Python自然语言处理工具了，全称"Natural Language Toolkit", 诞生于宾夕法尼亚大学，以研究和教学为目的而生，因此也特别适合入门学习。NLTK虽然主要面向英文，但是它的很多NLP模型或者模块是语言无关的，因此如果某种语言有了初步的Tokenizat 阅读全文
2020年4月27日
2019年11月4日
摘要：
从 python 第三方库列表下载安装包 https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 然后使用 pip 进行安装 软件会自动安装到 python 安装路径的 scripts 目录下 使用 方法一 双击这两个应用程序 方法二 python -m IPytho 阅读全文
摘要：
在pypi中搜索相应的模块 直接使用 pip install 包名 的方法安装 下载第三方安装包 下载地址：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 根据系统 python版本下载相应的安装包 进入安装包的存放路径 然后使用 pip 进行安装 测试 阅读全文
2019年10月22日
摘要：
Sevlet 下载pdf文件 支持中文文件名 部署描述符 阅读全文
2019年10月21日
摘要：
第一步 下载并安装 Python 并将Python 添加到环境变量中 第二步 下载并安装 VSCode 官网下载即可 第三步 安装插件 第四步 选择一个Python解释器 在 VSCode 中，通过打开命令选项板（Ctrl+Shift+P）选择Python3解释器。 开始键入 python，选择 I 阅读全文
2019年10月18日
摘要：
以安装pandas为例： 如：pip install scrapy 时出现： error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with “Microsoft Visual C++ Build Tools”: http://landinghub 阅读全文
2019年10月16日
摘要：
调用库 获取 Path 的文件名 Path.name 参考 https://blog.csdn.net/amanfromearth/article/details/80265843 阅读全文
摘要：
参考下面教程 有空再整理 https://jingyan.baidu.com/article/7082dc1cd77899e40b89bd5a.html http://www.360doc.com/content/19/0614/23/7669533_842507326.shtml 【科研猫·绘图】 阅读全文
摘要：
下载 AI 的破解版 我这里用的是 Adobe_Illustrator CC 2019 Lite 精简特别版 V23.0.2 简体中文版 64位 安装略 新建文档 通常是 A4 图形绘制 选择 矩形工具，新建一个矩形，然后使用 移动工具 移动这个矩形 使用 文字工具，在这张图上新建文字，命名为 Fi 阅读全文
2019年10月15日
摘要：
jinja2 是 Flask 作者开发的一个模板系统，起初是仿 django 模板的一个模板引擎，为Flask提供模板支持，由于其灵活、快速、安全等优点被广泛使用。 官网：https://pypi.org/project/Jinja2/ 下载安装：pip install Jinja2 jinja2 阅读全文
2019年10月14日
摘要：
package test_java; import java.io.BufferedReader; import java.io.File; import java.io.FileOutputStream; import java.io.FileReader; import java.io.IOException; import java.util.Arrays; import jav... 阅读全文
2019年10月13日
摘要：
GEOquery 是 bioconductor 项目下的一个R包 官网：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html 下载安装： GEO 是由NCBI负责维护的一个数据库，期初是有芯片数据，后来增加了甲基化芯 阅读全文
摘要：
下载安装 affy 包为 Bioconductor 之中一个用于数据预处理的包。 affy 包的功能只有一个：读取 affymetrix 的基因表达芯片数据，即CEL格式文件，然后处理成表达矩阵。 先解释以下为什么这个包叫这个名字，这是因为affy其实是一个生产芯片的公司，这个公司做的芯片所产生的的 阅读全文
2019年10月12日
摘要：
apply() 函数算是R语言中很基础的一个函数，同时还有 sapply() lapply() tapply() 函数精简了 apply() 函数的用法。 apply() 函数是一个很R语言的函数，可以起到很好的替代冗余的for循环的作用，R语言中的循环操作for和while都是基于R语言本身来实现 阅读全文
摘要：
对于继承自己的class，父类可以认为他们都是自己的子女，而对于和自己都在同一个目录下的class，可以认为都是自己的朋友。 public：对所有用户开发，所有用户都可以直接调用 private：自己私有。除了自己之外，任何人都不可以直接使用。 protected：对于子女、朋友来说，是public 阅读全文
2019年10月11日
摘要：
何为功能富集分析？ 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG？ 为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基 阅读全文
2019年10月10日
摘要：
setwd("GSE29431_RAW") # 进入目录 fileNames <- list.files() # 获取目录下的所有文件sapply(fileNames, gunzip) # 进行解压操作，fileNames是一个向量，gunzip是解压缩的函数，sapply()会依次将fileNames中的元素应用gunzip函数 阅读全文
2019年10月8日
摘要：
将 html 转为 pdf ：wkhtmltopdf wkhtmltopdf 是一个使用 webkit 网页渲染引擎开发的用来将 html 转成 pdf 的工具，可以跟多种脚本语言进行集成来转换文档。 官网：https://wkhtmltopdf.org/ github网址：https://gith 阅读全文
2019年9月23日
摘要：
R 语言的参数传递是按照引用传递的，二者共享内存 如果想要按值传递 使用函数 copy() 阅读全文
2019年9月16日
摘要：
使用在线绘图工具 https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html http://www.biovenn.nl/index.php http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 使用 R 语 阅读全文
摘要：
Circos官网 http://circos.ca 在线绘图工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos图的诞生 Circos图诞生于2009年，当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research（最新IF：9.944） 阅读全文
2019年9月3日
摘要：
GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具，用于进行差异表达分析。 该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。 -- GEOquery：用于自动下载GEO数据，并读取到R环境中 -- limma：一个经典的 阅读全文
2019年8月27日
摘要：
网络图（Network）看似复杂，其实构成非常简单，网络图是一种图解模型，形状如同网络，故称网络图，由节点（node）和连线（edge）两个因素组成的。其中 node 又分为 source node（源节点）和 target node（目标节点）两个因素组成的。这里的 node 就是我们的基因，ed 阅读全文
2019年8月26日
摘要：
将fasta文件线性化处理 将fastq文件线性化处理 阅读全文
2019年8月15日
摘要：
http://master.bioconductor.org/packages/3.9/bioc/html/Glimma.html 安装 阅读全文
2019年8月14日
摘要：
E-value: The E-value provides information about the likelihood that a given sequence match is purely by chance. The lower the E-value, the less likely 阅读全文
2019年8月11日
摘要：
Surrogate Variable Analysis http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/sva.html 阅读全文
2019年7月31日
摘要：
https://www.jianshu.com/p/4519d2e64a49 阅读全文
摘要：
https://www.jianshu.com/p/a3ac3568adde 阅读全文
摘要：
1. DNA测序技术 https://www.jianshu.com/p/6122cecec54a 2.FASTA和FASTQ文件格式 https://www.jianshu.com/p/50ff302d049f 3.数据质控 https://www.jianshu.com/p/36891a89ed 阅读全文
2019年7月29日
摘要：
下载地址：http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA Level3 analysis results files from FireBrowse http://zyxue.github. 阅读全文
2019年7月28日
摘要：
order() 的返回值是对应“排名”元素所在向量中的位置。注意返回的不是元素本身，而是元素的位置。 sort() 是直接对向量中的元素进行排序，返回的是排序后的元素组成的向量。 rank() 是求秩的函数，返回值是这个向量中对应元素的排名。 > x<-c(1,5,8,2,9,7,4)> order 阅读全文
2019年7月27日
摘要：
bioconduction 主页 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html 安装 有时可能因为镜像或者网络的原因导致安装失败 我在 RStudio 使用 清华的镜像 在线文档 阅读全文
摘要：
Error in readRDS(dest) : error reading from connection 解决办法：可能是镜像设置错误，导致无法抓取文件 修改 RStudio 中的镜像地址 阅读全文
2019年7月23日
摘要：
这几个都是R语言中的特殊值，都是R的保留字， NA：Not available 表示缺失值 用 is.na() 来判断是否为缺失值 NULL：表示空值，即没有内容 用 is.null() 来判断是否为空值 NaN：Not a Number，表示非数值 用 is.nan() 来判断是否为非数值 Inf 阅读全文
摘要：
1. 少用循环多用R自带的向量化运算，R的循环效率极低。 2. 使用驼峰命名法 或者 用点号分隔 avg.cliks 3. 函数命名第一个字母大写 4. 所有的二元运算符的两侧加空格，逗号后面添加空格 5. 使用 <- 进行赋值，不用 = 赋值 用 = 进行传值 6. 函数的定义应该首先列出无默认值 阅读全文
2019年7月21日
摘要：
RPKM：Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数 FPKM：Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM TPM： 阅读全文
2019年7月16日
摘要：
Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 安装 使用 library("edgeR") edgeRUserGuide() # 查看使用文档 查看在线的使用文档 http://www.bioconductor.org/package 阅读全文
2019年7月15日
