01 2022 档案

bcftools
摘要：https://www.jianshu.com/p/266c55c87978?utm_campaign=haruki $ bcftools index -t view.vcf.gz # 创建 .tbi 索引 阅读全文

posted @ 2022-01-29 15:12 0820LL 阅读(46) 评论(0) 推荐(0)

个性化设置命令提示符
摘要：######## 设置命令提示符RED='\[\e[31;1m\]'Yello='\[\e[33;1m\]'Green='\[\e[32;1m\]'Pur='\[\e[35;1m\]'End='\[\e[0m\]'PS1="$Yello[$End$RED\u$End$Green@$End$Yello 阅读全文

posted @ 2022-01-25 11:34 0820LL 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)

jq处理json文件
摘要：jq工具可以检查JSON的合法性，并把JSON格式化成更友好更可读的格式。 没有任何参数，jq只是输出JSON输入数据，这里输出数据已重新格式化。jq默认情况下输出格式的JSON。我们可以将少量的JSON数据通过管道传递给jq并获得格式正确的输出。 jq可以使用一个或多个过滤器作为参数。最简单的过滤 阅读全文

posted @ 2022-01-25 11:31 0820LL 阅读(381) 评论(0) 推荐(0)

docker中文件与本地互相拷贝
摘要：# 本地到服务器 docker cp 本地路径 容器id或者容器名字:容器内路径 # 服务器到本地 docker cp 容器id或者容器名字:容器内路径 本地路径 阅读全文

posted @ 2022-01-23 22:08 0820LL 阅读(115) 评论(0) 推荐(0)

从UCSC下载bed文件
摘要：https://blog.csdn.net/weixin_36140403/article/details/112674585 阅读全文

posted @ 2022-01-23 17:50 0820LL 阅读(427) 评论(0) 推荐(0)

GATK bundle 数据下载
摘要：GATK 在官网中提供了resource bundle，里面包含了所需要的很多数据。目前提供FTP 和 Google Cloud bucket 2种下载方式，由于用不了Google，推荐使用FTP GATK官网推荐使用lftp工具进行访问ftp和下载数据，提前安装lftp，本次使用root 权限安装 阅读全文

posted @ 2022-01-20 19:04 0820LL 阅读(1038) 评论(0) 推荐(0)

通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据
摘要：http://events.jianshu.io/p/e646ed57fa61 https://www.jianshu.com/p/51edb6b23143 阅读全文

posted @ 2022-01-20 19:01 0820LL 阅读(97) 评论(0) 推荐(0)

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