2019 年 7月随笔档案 - 0820LL

WES数据分析流程

摘要：https://www.jianshu.com/p/4519d2e64a49 阅读全文

posted @ 2019-07-31 09:22 0820LL 阅读(767) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何快速估算测序量

摘要：https://www.jianshu.com/p/a3ac3568adde 阅读全文

posted @ 2019-07-31 09:09 0820LL 阅读(178) 评论(0) 推荐(0) 编辑

WGS 全基因组测序数据分析

摘要：1. DNA测序技术 https://www.jianshu.com/p/6122cecec54a 2.FASTA和FASTQ文件格式 https://www.jianshu.com/p/50ff302d049f 3.数据质控 https://www.jianshu.com/p/36891a89ed 阅读全文

posted @ 2019-07-31 09:04 0820LL 阅读(1183) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA简易下载工具 SangerBox

摘要：下载地址：http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA Level3 analysis results files from FireBrowse http://zyxue.github. 阅读全文

posted @ 2019-07-29 22:52 0820LL 阅读(3007) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言排序 -- sort() order() rank()

摘要：order() 的返回值是对应“排名”元素所在向量中的位置。注意返回的不是元素本身，而是元素的位置。 sort() 是直接对向量中的元素进行排序，返回的是排序后的元素组成的向量。 rank() 是求秩的函数，返回值是这个向量中对应元素的排名。 > x<-c(1,5,8,2,9,7,4)> order 阅读全文

posted @ 2019-07-28 19:03 0820LL 阅读(1532) 评论(0) 推荐(0) 编辑

org.Hs.eg.db

摘要：bioconduction 主页 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html 安装有时可能因为镜像或者网络的原因导致安装失败我在 RStudio 使用清华的镜像在线文档阅读全文

posted @ 2019-07-27 17:15 0820LL 阅读(906) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Error in readRDS(dest) : error reading from connection

摘要：Error in readRDS(dest) : error reading from connection 解决办法：可能是镜像设置错误，导致无法抓取文件修改 RStudio 中的镜像地址阅读全文

posted @ 2019-07-27 15:46 0820LL 阅读(23276) 评论(0) 推荐(1) 编辑

R语言中的特殊值 NA NULL NaN Inf

摘要：这几个都是R语言中的特殊值，都是R的保留字， NA：Not available 表示缺失值用 is.na() 来判断是否为缺失值 NULL：表示空值，即没有内容用 is.null() 来判断是否为空值 NaN：Not a Number，表示非数值用 is.nan() 来判断是否为非数值 Inf 阅读全文

posted @ 2019-07-23 15:06 0820LL 阅读(1248) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R程序书写规范

摘要：1. 少用循环多用R自带的向量化运算，R的循环效率极低。 2. 使用驼峰命名法或者用点号分隔 avg.cliks 3. 函数命名第一个字母大写 4. 所有的二元运算符的两侧加空格，逗号后面添加空格 5. 使用 <- 进行赋值，不用 = 赋值用 = 进行传值 6. 函数的定义应该首先列出无默认值阅读全文

posted @ 2019-07-23 08:43 0820LL 阅读(365) 评论(0) 推荐(0) 编辑

RPKM FPKM TPM RSEM

摘要：RPKM：Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数 FPKM：Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM TPM：阅读全文

posted @ 2019-07-21 23:42 0820LL 阅读(700) 评论(0) 推荐(0) 编辑

edgeR

摘要：Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 安装使用 library("edgeR") edgeRUserGuide() # 查看使用文档查看在线的使用文档 http://www.bioconductor.org/package 阅读全文

posted @ 2019-07-16 22:43 0820LL 阅读(176) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R地图包 maps

摘要：安装 maps install.packages(“maps”) 使用 maps library("maps") nz <- map_data("nz") 阅读全文

posted @ 2019-07-15 15:44 0820LL 阅读(269) 评论(0) 推荐(0) 编辑

tidyr

摘要：tidyr包主要提供了数据整理和清洗的功能，包括 1. 数据框的变形 2. 处理数据框中的空值 3. 根据一个表格衍生出其他表格 4. 实现行或列的分隔和合并该包将要用的数据处理成标准且统一的数据框（Tidy Data）才能进行下一步的数据处理和做图。 R将整洁数据定义为：每个变量的数据存储在自身阅读全文

posted @ 2019-07-15 14:36 0820LL 阅读(152) 评论(0) 推荐(0) 编辑

dplyr

摘要：The d is for dataframes, the plyr is to evoke pliers. Pronounce however you like. dplyr包可用于处理 R 内部或者外部的结构化数据，相较于plyr包，dplyr包专注接受 data.frame 对象，大幅提高了速度阅读全文

posted @ 2019-07-15 14:32 0820LL 阅读(434) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ggplot2

摘要：github主页 https://github.com/tidyverse/ggplot2 ggplot2中的函数：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/index.html 图形范例：http://www.ggplot2-exts.org/gallery/ 阅读全文

posted @ 2019-07-12 17:00 0820LL 阅读(312) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 去掉 ^M 的方法

摘要：在linux上经常遇到这种问题，从网上下载文件到 linux 上后，就多了很多 ^M这种东西，如何集体删除这种东西呢！用 vim 打开文件进行如下设置将文件格式转化为unix 阅读全文

posted @ 2019-07-12 11:10 0820LL 阅读(205) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 语言输入输出读取命令函参数

摘要：输入数据使用键盘输入数据只能处理小样本，很少使用在创建 data.txt 字符串之后，用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中，此处切记，read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。下面的方法是用函数 fix() 创阅读全文

posted @ 2019-07-11 14:34 0820LL 阅读(1804) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R包 survival 生存分析

摘要：https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html 阅读全文

posted @ 2019-07-10 16:54 0820LL 阅读(511) 评论(0) 推荐(0) 编辑

webgestalt 通路富集分析

摘要：http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html 阅读全文

posted @ 2019-07-10 16:47 0820LL 阅读(892) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEPIA GEPIA2 数据库

摘要：http://gepia.cancer-pku.cn/ 阅读全文

posted @ 2019-07-10 14:38 0820LL 阅读(798) 评论(0) 推荐(0) 编辑

limma 包

摘要：limma：Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html 安装使用 library("limma") usersguid 阅读全文

posted @ 2019-07-10 14:34 0820LL 阅读(405) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Cancer Cell Line Encyclopedia

摘要：https://portals.broadinstitute.org/ccle 阅读全文

posted @ 2019-07-10 14:18 0820LL 阅读(782) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Funrich 基因功能富集分析

摘要：http://www.funrich.org/ 阅读全文

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Morpheus

摘要：https://software.broadinstitute.org/morpheus/ 阅读全文

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UCSC cancer genome

摘要：http://xena.ucsc.edu/welcome-to-ucsc-xena/ 阅读全文

posted @ 2019-07-09 22:58 0820LL 阅读(124) 评论(0) 推荐(0) 编辑

LSF 作业系统常用命令

摘要：LSF(Load Sharing Facility)是一个被广泛使用的作业管理系统，具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度，可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。 bqueues：查看计算队列 bhosts：查看计算节点列表 lsload：查看负载 bsub：提交作业 bj 阅读全文

posted @ 2019-07-09 16:44 0820LL 阅读(1883) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 语言处理excel为data.frame

摘要：使用 R包 xlsx 或者 openxlsx 安装 install.packages("xlsx", repos="https://cloud.r-project.org/") install.packages("openxlsx", repos="https://cloud.r-project.o 阅读全文

posted @ 2019-07-09 10:33 0820LL 阅读(1271) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Expression Atlas

摘要：网页 https://www.ebi.ac.uk/gxa/home 文档 https://www.ebi.ac.uk/gxa/help/index.html 阅读全文

posted @ 2019-07-08 23:29 0820LL 阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Oncomine 数据库

摘要：网址 https://www.oncomine.org/resource/login.html Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，旨在挖掘癌症基因信息。Oncomine 拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息，可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点阅读全文

posted @ 2019-07-08 22:47 0820LL 阅读(1232) 评论(0) 推荐(0) 编辑

pathlib.Path 类的使用

摘要：from pathlib import Path 参考 https://www.jb51.net/article/148789.htm 阅读全文

posted @ 2019-07-08 17:31 0820LL 阅读(288) 评论(0) 推荐(0) 编辑

DT包 -- R语言中自定义表格数据

摘要：DT 包提供了 JavaScript 库 DataTables 的一个R接口，它使得R对象（矩阵或数据框）可以在HTML页面上显示为表格。该包的DataTables函数生成的表格提供了数据的筛选、分页、排序及其他功能，目前依法不再CRAN上。安装方法 install.packages("DT", 阅读全文

posted @ 2019-07-07 20:35 0820LL 阅读(832) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 目录及文件操作

摘要：获取当前路径 getwd() 切换当前路径 setwd() 返回上一级目录 setwd(dirname(getwd())) 获取文件所在路径 dirname() 查看当前目录的子目录 list.dirs() 查看当前目录的子目录和文件 dir() 查看指定目录的子目录及文件 dir(path="a/ 阅读全文

posted @ 2019-07-06 17:26 0820LL 阅读(1152) 评论(0) 推荐(0) 编辑

cgdsR 下载TCGA数据

摘要：TCGA 的数据可以在5个组织机构获取，它们都提供了类似的接口来供用户下载数据。 cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包 http://www.cbioportal.org/rmatlab cgds -- Cancer genomic Data Service 安装 cgdsR 使用 cg 阅读全文

posted @ 2019-07-05 17:20 0820LL 阅读(580) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GSEA 基因集富集分析

摘要：http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种生物信息学的计算方法，用于确定是否存在这样一个基因集，能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多阅读全文

posted @ 2019-07-05 15:49 0820LL 阅读(2261) 评论(0) 推荐(0) 编辑

lastal

摘要：http://last.cbrc.jp/doc/lastal.html This program finds local alignments between query sequences, and reference sequences that have been prepared using 阅读全文

posted @ 2019-07-05 10:25 0820LL 阅读(468) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEO Gene Expression Omnibus

摘要：GEO Gene Expression Omnibus 基因表达数据库网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据：GSE、GDS、GSM、GPL GEO Series Study GSE号（GSExxx）对应的是整个阅读全文

posted @ 2019-07-01 18:00 0820LL 阅读(863) 评论(0) 推荐(0) 编辑

cBioPortal 数据库

摘要：http://www.cbioportal.org/ 参考连接 http://www.geneseed.com.cn/page464?article_id=413 阅读全文

posted @ 2019-07-01 17:51 0820LL 阅读(340) 评论(0) 推荐(0) 编辑

HGNC数据库 HUGO基因命名委员会

摘要：http://www.genenames.org/ HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会，负责对人类基因组上包括蛋白编码基因， ncRNA基因，假基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的，标准的，可以广泛传播的symbol 阅读全文

posted @ 2019-07-01 17:07 0820LL 阅读(747) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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