摘要：https://www.jianshu.com/p/4519d2e64a49
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posted @ 2019-07-31 09:22
07 2019 档案
摘要：https://www.jianshu.com/p/a3ac3568adde
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posted @ 2019-07-31 09:09
摘要：1. DNA测序技术 https://www.jianshu.com/p/6122cecec54a 2.FASTA和FASTQ文件格式 https://www.jianshu.com/p/50ff302d049f 3.数据质控 https://www.jianshu.com/p/36891a89ed
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posted @ 2019-07-31 09:04
摘要：下载地址：http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA Level3 analysis results files from FireBrowse http://zyxue.github.
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posted @ 2019-07-29 22:52
摘要：order() 的返回值是对应“排名”元素所在向量中的位置。注意返回的不是元素本身，而是元素的位置。 sort() 是直接对向量中的元素进行排序，返回的是排序后的元素组成的向量。 rank() 是求秩的函数，返回值是这个向量中对应元素的排名。 > x<-c(1,5,8,2,9,7,4)> order
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posted @ 2019-07-28 19:03
摘要：bioconduction 主页 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html 安装 有时可能因为镜像或者网络的原因导致安装失败 我在 RStudio 使用 清华的镜像 在线文档
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posted @ 2019-07-27 17:15
摘要：Error in readRDS(dest) : error reading from connection 解决办法：可能是镜像设置错误，导致无法抓取文件 修改 RStudio 中的镜像地址
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posted @ 2019-07-27 15:46
摘要：这几个都是R语言中的特殊值，都是R的保留字， NA：Not available 表示缺失值 用 is.na() 来判断是否为缺失值 NULL：表示空值，即没有内容 用 is.null() 来判断是否为空值 NaN：Not a Number，表示非数值 用 is.nan() 来判断是否为非数值 Inf
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posted @ 2019-07-23 15:06
摘要：1. 少用循环多用R自带的向量化运算，R的循环效率极低。 2. 使用驼峰命名法 或者 用点号分隔 avg.cliks 3. 函数命名第一个字母大写 4. 所有的二元运算符的两侧加空格，逗号后面添加空格 5. 使用 <- 进行赋值，不用 = 赋值 用 = 进行传值 6. 函数的定义应该首先列出无默认值
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posted @ 2019-07-23 08:43
摘要：RPKM：Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数 FPKM：Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM TPM：
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posted @ 2019-07-21 23:42
摘要：Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 安装 使用 library("edgeR") edgeRUserGuide() # 查看使用文档 查看在线的使用文档 http://www.bioconductor.org/package
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posted @ 2019-07-16 22:43
摘要：安装 maps install.packages(“maps”) 使用 maps library("maps") nz <- map_data("nz")
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posted @ 2019-07-15 15:44
摘要：tidyr包主要提供了数据整理和清洗的功能，包括 1. 数据框的变形 2. 处理数据框中的空值 3. 根据一个表格衍生出其他表格 4. 实现行或列的分隔和合并 该包将要用的数据处理成标准且统一的数据框（Tidy Data）才能进行下一步的数据处理和做图。 R将整洁数据定义为：每个变量的数据存储在自身
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posted @ 2019-07-15 14:36
摘要：The d is for dataframes, the plyr is to evoke pliers. Pronounce however you like. dplyr包可用于处理 R 内部或者外部的结构化数据，相较于plyr包，dplyr包专注接受 data.frame 对象，大幅提高了速度
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posted @ 2019-07-15 14:32
摘要：github主页 https://github.com/tidyverse/ggplot2 ggplot2中的函数：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/index.html 图形范例：http://www.ggplot2-exts.org/gallery/
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posted @ 2019-07-12 17:00
摘要：在linux上经常遇到这种问题，从网上下载文件到 linux 上后，就多了很多 ^M这种东西，如何集体删除这种东西呢！ 用 vim 打开文件 进行如下设置 将文件格式转化为unix
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posted @ 2019-07-12 11:10
摘要：输入数据 使用键盘输入数据 只能处理小样本，很少使用 在创建 data.txt 字符串之后，用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中，此处切记，read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。 下面的方法是用函数 fix() 创
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posted @ 2019-07-11 14:34
摘要：https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html
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posted @ 2019-07-10 16:54
摘要：http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html
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posted @ 2019-07-10 16:47
摘要：http://gepia.cancer-pku.cn/
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posted @ 2019-07-10 14:38
摘要：limma：Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html 安装 使用 library("limma") usersguid
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posted @ 2019-07-10 14:34
摘要：https://portals.broadinstitute.org/ccle
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posted @ 2019-07-10 14:18
摘要：http://www.funrich.org/
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posted @ 2019-07-10 14:10
摘要：https://software.broadinstitute.org/morpheus/
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posted @ 2019-07-10 14:09
摘要：http://xena.ucsc.edu/welcome-to-ucsc-xena/
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posted @ 2019-07-09 22:58
摘要：LSF(Load Sharing Facility)是一个被广泛使用的作业管理系统，具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度，可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。 bqueues：查看计算队列 bhosts：查看计算节点列表 lsload：查看负载 bsub：提交作业 bj
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posted @ 2019-07-09 16:44
摘要：使用 R包 xlsx 或者 openxlsx 安装 install.packages("xlsx", repos="https://cloud.r-project.org/") install.packages("openxlsx", repos="https://cloud.r-project.o
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posted @ 2019-07-09 10:33
摘要：网页 https://www.ebi.ac.uk/gxa/home 文档 https://www.ebi.ac.uk/gxa/help/index.html
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posted @ 2019-07-08 23:29
摘要：网址 https://www.oncomine.org/resource/login.html Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，旨在挖掘癌症基因信息。Oncomine 拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息，可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点
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posted @ 2019-07-08 22:47
摘要：from pathlib import Path 参考 https://www.jb51.net/article/148789.htm
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posted @ 2019-07-08 17:31
摘要：DT 包提供了 JavaScript 库 DataTables 的一个R接口，它使得R对象（矩阵或数据框）可以在HTML页面上显示为表格。 该包的DataTables函数生成的表格提供了数据的筛选、分页、排序及其他功能，目前依法不再CRAN上。 安装方法 install.packages("DT",
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posted @ 2019-07-07 20:35
摘要：获取当前路径 getwd() 切换当前路径 setwd() 返回上一级目录 setwd(dirname(getwd())) 获取文件所在路径 dirname() 查看当前目录的子目录 list.dirs() 查看当前目录的子目录和文件 dir() 查看指定目录的子目录及文件 dir(path="a/
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posted @ 2019-07-06 17:26
摘要：TCGA 的数据可以在5个组织机构获取，它们都提供了类似的接口来供用户下载数据。 cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包 http://www.cbioportal.org/rmatlab cgds -- Cancer genomic Data Service 安装 cgdsR 使用 cg
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posted @ 2019-07-05 17:20
摘要：http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种生物信息学的计算方法，用于确定是否存在这样一个基因集，能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多
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posted @ 2019-07-05 15:49
摘要：http://last.cbrc.jp/doc/lastal.html This program finds local alignments between query sequences, and reference sequences that have been prepared using
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posted @ 2019-07-05 10:25
摘要：GEO Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据：GSE、GDS、GSM、GPL GEO Series Study GSE号（GSExxx）对应的是整个
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posted @ 2019-07-01 18:00
摘要：http://www.cbioportal.org/ 参考连接 http://www.geneseed.com.cn/page464?article_id=413
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posted @ 2019-07-01 17:51
摘要：http://www.genenames.org/ HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会，负责对人类基因组上包括蛋白编码基因， ncRNA基因，假基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的，标准的，可以广泛传播的symbol
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posted @ 2019-07-01 17:07
浙公网安备 33010602011771号