安装 R 及 R 包 及卸载、移除
ubuntu 安装最新版本的R
通过 apt install r-base 安装的R版本太低，
建议通过以下方法安装最新版本的R（建议按照官方步骤，如果太慢 可以更换apt到国内镜像，不如华为云镜像）
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# update indices
sudo apt update -qq
# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
sudo apt install --no-install-recommends r-base
安装指定版本的R
方法一 ）从官网下载R的安装包，然后编译、安装。过程中会报错缺少动态库。安装完后发现无法安装R包（CRAN无法访问，换了镜像也不行）
方法二 ）根据官网（上面内容）更新 apt 源后，首先查看有哪些R版本 然后选择安装
apt list -a r-base-core
apt install --no-install-recommends r-base-core=4.1.2-1.2004.0
卸载R
sudo apt autoremove r-base-core
sudo apt autoremove r-base
sudo apt autoremove r-recommended
安装一些R包
对普通的R包，直接 install.packages() 即可，
如果下载了安装不了，一般是依赖包没弄好，或者你的电脑缺少一些库文件，
如果实在是找不到或者下载慢，一般就用repos=来切换一些镜像。
指定国内镜像
2）install.packages("ABC",repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") ## 换成清华镜像安装bioconductor中的R包
1）按照bioconductor中的安装步骤进行安装
注意：Bioconductor和R版本是绑定，不同的Bioconductor绑定不同的R版本，其中包含的R包也不一样
>source("https://bioconductor.org/biocLite.R");
>biocLite("GenomicRanges");
2）源码安装 不用担心bioConductor的版本 需要进入包的主页，找到包的下载地址
这样安装的就不需要选择镜像，也跨越了安装器的版本！但是会很慢
>options(timeout = 1000)
>package_url <- https://www.bioconductor.org/packages/3.10/bioc/src/contrib/DESeq_1.38.0.tar.gz
>install.packages(package_url, repos=NULL, type="source")
3）将R包下载到本地后，安装，遇到依赖包的时候比较麻烦
首先将R包下载到本地
$wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/stringi/stringi_1.0-1.tar.gz#下载R包
$R CMD INSTALL [/path/to/your/library] /path/to/your/downloaded/package #编译
或者 在R中操作，
>download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz") ##也可以用wget下载这个包
>install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
4) 让你用 install.packages()来安装CRAN和Bioconductor所有的包
在 ~/.Rprofile 里追加入以下两行：
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
utils::setRepositories(ind=1:2)
第一行，使用国内的镜像，我这里用的是清华大学的，
第二行，设定install.packages从CRAN和Bioconductor中搜索包，其实你还可以让它支持比如R-Forge以及各种第三方的仓库。
然后你就可以愉快地使用install.packages来安装Bioconductor包了。
查看安装的R包
installed.packages()
查看R包安装路径
.libPaths()
R包的加载
library("R包名")
查看加载的R包
(.packages())
R包的卸载
remove.packages("R包名")
R包的移除
detach("package:R包名", unload = TRUE)
查看R包的版本和详细信息
packageVersion("name")
library(help="MASS")
sessionInfo("name")
R包的更新
# 更新所有的R包
update.packages()
update.packages("R包名")
通过上面的函数更新R包，涉及到依赖包的时候容易出错，最好把相关R包卸载后，重新安装
查看更新结果代码
version
packageStatus()
