R语言的面向对象编程
摘要：
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posted @ 2022-11-16 15:45
随笔分类 - R
VScode配置R开发环境
摘要：第一步：安装R VScode python3 第二步：安装vsCode插件 R 和 R Debugger 第三步：安装radian 第四步：安装R包：languageserver、httpgd、vscDebugger 第五步：配置参数 文件 => 首选项 => 设置 搜索r.rterm.window
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posted @ 2022-10-23 22:43
国内镜像 ubuntu pip CRAN CPAN
摘要：由于默认的源进行安装时，下载速度比较慢，最好切换为国内镜像； 国内镜像： 清华大学开源软件镜像站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ 中国科学技术大学 http://mirrors.ustc.edu.cn/ 浙江大学开源镜像站 http://mirrors.z
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posted @ 2022-08-09 18:10
KEGG 数据库本地化（enrichKEGG）
摘要：在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。 第一步，先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写，比如：人的缩写是hsa #安装Y叔的包， #安装创建KEGG数据库的包的
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posted @ 2022-04-12 17:34
apply() 函数家族介绍
摘要：apply() 函数算是R语言中很基础的一个函数，同时还有 sapply() lapply() tapply() 函数精简了 apply() 函数的用法。 apply() 函数是一个很R语言的函数，可以起到很好的替代冗余的for循环的作用，R语言中的循环操作for和while都是基于R语言本身来实现
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posted @ 2019-10-12 23:30
R 语言解压目录下的所有gz文件
摘要：setwd("GSE29431_RAW") # 进入目录 fileNames <- list.files() # 获取目录下的所有文件sapply(fileNames, gunzip) # 进行解压操作，fileNames是一个向量，gunzip是解压缩的函数，sapply()会依次将fileNames中的元素应用gunzip函数
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posted @ 2019-10-10 23:12
R语言参数传递 按引用传递
摘要：R 语言的参数传递是按照引用传递的，二者共享内存 如果想要按值传递 使用函数 copy()
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posted @ 2019-09-23 15:01
Glimma 包
摘要：http://master.bioconductor.org/packages/3.9/bioc/html/Glimma.html 安装
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posted @ 2019-08-15 17:18
R语言排序 -- sort() order() rank()
摘要：order() 的返回值是对应“排名”元素所在向量中的位置。注意返回的不是元素本身，而是元素的位置。 sort() 是直接对向量中的元素进行排序，返回的是排序后的元素组成的向量。 rank() 是求秩的函数，返回值是这个向量中对应元素的排名。 > x<-c(1,5,8,2,9,7,4)> order
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posted @ 2019-07-28 19:03
org.Hs.eg.db
摘要：bioconduction 主页 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html 安装 有时可能因为镜像或者网络的原因导致安装失败 我在 RStudio 使用 清华的镜像 在线文档
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posted @ 2019-07-27 17:15
Error in readRDS(dest) : error reading from connection
摘要：Error in readRDS(dest) : error reading from connection 解决办法：可能是镜像设置错误，导致无法抓取文件 修改 RStudio 中的镜像地址
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posted @ 2019-07-27 15:46
R语言中的特殊值 NA NULL NaN Inf
摘要：这几个都是R语言中的特殊值，都是R的保留字， NA：Not available 表示缺失值 用 is.na() 来判断是否为缺失值 NULL：表示空值，即没有内容 用 is.null() 来判断是否为空值 NaN：Not a Number，表示非数值 用 is.nan() 来判断是否为非数值 Inf
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posted @ 2019-07-23 15:06
R程序书写规范
摘要：1. 少用循环多用R自带的向量化运算，R的循环效率极低。 2. 使用驼峰命名法 或者 用点号分隔 avg.cliks 3. 函数命名第一个字母大写 4. 所有的二元运算符的两侧加空格，逗号后面添加空格 5. 使用 <- 进行赋值，不用 = 赋值 用 = 进行传值 6. 函数的定义应该首先列出无默认值
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posted @ 2019-07-23 08:43
edgeR
摘要：Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 安装 使用 library("edgeR") edgeRUserGuide() # 查看使用文档 查看在线的使用文档 http://www.bioconductor.org/package
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posted @ 2019-07-16 22:43
R地图包 maps
摘要：安装 maps install.packages(“maps”) 使用 maps library("maps") nz <- map_data("nz")
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posted @ 2019-07-15 15:44
tidyr
摘要：tidyr包主要提供了数据整理和清洗的功能，包括 1. 数据框的变形 2. 处理数据框中的空值 3. 根据一个表格衍生出其他表格 4. 实现行或列的分隔和合并 该包将要用的数据处理成标准且统一的数据框（Tidy Data）才能进行下一步的数据处理和做图。 R将整洁数据定义为：每个变量的数据存储在自身
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posted @ 2019-07-15 14:36
dplyr
摘要：The d is for dataframes, the plyr is to evoke pliers. Pronounce however you like. dplyr包可用于处理 R 内部或者外部的结构化数据，相较于plyr包，dplyr包专注接受 data.frame 对象，大幅提高了速度
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posted @ 2019-07-15 14:32
ggplot2
摘要：github主页 https://github.com/tidyverse/ggplot2 ggplot2中的函数：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/index.html 图形范例：http://www.ggplot2-exts.org/gallery/
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posted @ 2019-07-12 17:00
R 语言输入输出 读取命令函参数
摘要：输入数据 使用键盘输入数据 只能处理小样本，很少使用 在创建 data.txt 字符串之后，用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中，此处切记，read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。 下面的方法是用函数 fix() 创
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posted @ 2019-07-11 14:34
R包 survival 生存分析
摘要：https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html
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posted @ 2019-07-10 16:54
