BioInformatics - 随笔分类 - 0820LL

KEGG 数据库本地化（enrichKEGG）

摘要：在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。第一步，先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写，比如：人的缩写是hsa #安装Y叔的包， #安装创建KEGG数据库的包的阅读全文

posted @ 2022-04-12 17:34 0820LL 阅读(4304) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生信软件下载地址

摘要：一、软件的官网（有些可能无法访问，比如sorceforce）二、aconda官网三、阅读全文

posted @ 2022-03-07 15:42 0820LL 阅读(69) 评论(0) 推荐(0) 编辑

bcftools

摘要：https://www.jianshu.com/p/266c55c87978?utm_campaign=haruki $ bcftools index -t view.vcf.gz # 创建 .tbi 索引阅读全文

posted @ 2022-01-29 15:12 0820LL 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑

从UCSC下载bed文件

摘要：https://blog.csdn.net/weixin_36140403/article/details/112674585 阅读全文

posted @ 2022-01-23 17:50 0820LL 阅读(403) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GATK bundle 数据下载

摘要：GATK 在官网中提供了resource bundle，里面包含了所需要的很多数据。目前提供FTP 和 Google Cloud bucket 2种下载方式，由于用不了Google，推荐使用FTP GATK官网推荐使用lftp工具进行访问ftp和下载数据，提前安装lftp，本次使用root 权限安装阅读全文

posted @ 2022-01-20 19:04 0820LL 阅读(859) 评论(0) 推荐(0) 编辑

通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据

摘要：http://events.jianshu.io/p/e646ed57fa61 https://www.jianshu.com/p/51edb6b23143 阅读全文

posted @ 2022-01-20 19:01 0820LL 阅读(84) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEOquery

摘要：GEOquery 是 bioconductor 项目下的一个R包官网：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html 下载安装： GEO 是由NCBI负责维护的一个数据库，期初是有芯片数据，后来增加了甲基化芯阅读全文

posted @ 2019-10-13 22:48 0820LL 阅读(2334) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Affy包 estrogen包

摘要：下载安装 affy 包为 Bioconductor 之中一个用于数据预处理的包。 affy 包的功能只有一个：读取 affymetrix 的基因表达芯片数据，即CEL格式文件，然后处理成表达矩阵。先解释以下为什么这个包叫这个名字，这是因为affy其实是一个生产芯片的公司，这个公司做的芯片所产生的的阅读全文

posted @ 2019-10-13 22:48 0820LL 阅读(2243) 评论(0) 推荐(0) 编辑

DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

摘要：何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基阅读全文

posted @ 2019-10-11 19:27 0820LL 阅读(38273) 评论(1) 推荐(0) 编辑

R 语言解压目录下的所有gz文件

摘要：setwd("GSE29431_RAW") # 进入目录 fileNames <- list.files() # 获取目录下的所有文件sapply(fileNames, gunzip) # 进行解压操作，fileNames是一个向量，gunzip是解压缩的函数，sapply()会依次将fileNames中的元素应用gunzip函数阅读全文

posted @ 2019-10-10 23:12 0820LL 阅读(2782) 评论(0) 推荐(0) 编辑

wkhtmltopdf cpdf HTML转pdf 及pdf合并

摘要：将 html 转为 pdf ：wkhtmltopdf wkhtmltopdf 是一个使用 webkit 网页渲染引擎开发的用来将 html 转成 pdf 的工具，可以跟多种脚本语言进行集成来转换文档。官网：https://wkhtmltopdf.org/ github网址：https://gith 阅读全文

posted @ 2019-10-08 14:32 0820LL 阅读(764) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Venn 维恩图的绘制

摘要：使用在线绘图工具 https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html http://www.biovenn.nl/index.php http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 使用 R 语阅读全文

posted @ 2019-09-16 13:51 0820LL 阅读(902) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Circos图

摘要：Circos官网 http://circos.ca 在线绘图工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos图的诞生 Circos图诞生于2009年，当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research（最新IF：9.944）阅读全文

posted @ 2019-09-16 09:58 0820LL 阅读(1838) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GEO2R

摘要：GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具，用于进行差异表达分析。该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。 -- GEOquery：用于自动下载GEO数据，并读取到R环境中 -- limma：一个经典的阅读全文

posted @ 2019-09-03 17:29 0820LL 阅读(605) 评论(0) 推荐(0) 编辑

STRING Cytoscape 网络互作图

摘要：网络图（Network）看似复杂，其实构成非常简单，网络图是一种图解模型，形状如同网络，故称网络图，由节点（node）和连线（edge）两个因素组成的。其中 node 又分为 source node（源节点）和 target node（目标节点）两个因素组成的。这里的 node 就是我们的基因，ed 阅读全文

posted @ 2019-08-27 11:06 0820LL 阅读(22620) 评论(1) 推荐(0) 编辑

将fasta fastq文件线性化处理

摘要：将fasta文件线性化处理将fastq文件线性化处理阅读全文

posted @ 2019-08-26 12:08 0820LL 阅读(171) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Glimma 包

摘要：http://master.bioconductor.org/packages/3.9/bioc/html/Glimma.html 安装阅读全文

posted @ 2019-08-15 17:18 0820LL 阅读(265) 评论(0) 推荐(0) 编辑

E-value identity bitscore

摘要：E-value: The E-value provides information about the likelihood that a given sequence match is purely by chance. The lower the E-value, the less likely 阅读全文

posted @ 2019-08-14 15:34 0820LL 阅读(540) 评论(0) 推荐(0) 编辑

去除批次效应 sva

摘要：Surrogate Variable Analysis http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/sva.html 阅读全文

posted @ 2019-08-11 19:12 0820LL 阅读(1029) 评论(0) 推荐(0) 编辑

WES数据分析流程

摘要：https://www.jianshu.com/p/4519d2e64a49 阅读全文

posted @ 2019-07-31 09:22 0820LL 阅读(767) 评论(0) 推荐(0) 编辑

0820LL

随笔分类 - BioInformatics