2023年7月31日
摘要: #### 1. 第一种数据格式为protein.fa(translated.fa) 和 gene.gtf文件,序列信息如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230731150638409-1442956648 阅读全文
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  2023年7月18日
摘要: ##### 1. 对小鼠的蛋白序列进行建库 点击查看代码 ``` makeblastdb -in Mus_musculus.GRCm39.pep.all.fa -dbtype prot -parse_seqids -out ./mm.blast.db/index ``` ##### 2. 将自己的物 阅读全文
posted @ 2023-07-18 13:52 Bonjour_! 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 类别变量采用卡方检验。连续变量采用双因素方差分析检验 阅读全文
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摘要: for i in $(cat name.txt);do mv ${i}_* ${i} done https://www.jianshu.com/p/c9da06d451b9 点击查看代码 ``` fs = list.files('./GSE136001_RAW/',pattern = '^GSM') 阅读全文
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  2023年7月12日
摘要: ### 1. 10x下机的三个文件名不符合下游分析的格式,如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230712142943527-16164620.png) ### 2. 需要整理成如下的格式 ![](http 阅读全文
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  2023年7月6日
摘要: ### 1. 脚本主要内容 * 批量读取下机数据 * 计算双细胞比例 * BBKNN去除批次效应 * 去除细胞周期的影响 * 转换为seurat对象 ### 2. 脚本 点击查看代码 ``` import scanpy as sc import anndata as an import pandas 阅读全文
posted @ 2023-07-06 15:02 Bonjour_! 阅读(431) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 点击查看代码 ``` #!/bin/bash #SBATCH -p Batch2 #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 1 #SBATCH -c 1 #SBATCH --job-name=jupyter #SBATCH --output=jupy.out #SBATCH --error=j 阅读全文
posted @ 2023-07-06 14:22 Bonjour_! 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年7月4日
摘要: 点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra 阅读全文
posted @ 2023-07-04 17:17 Bonjour_! 阅读(42) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年7月3日
摘要: 点击查看代码 ``` import argparse import scanpy as sc import hotspot import numpy as np import mplscience import matplotlib import matplotlib.pyplot as plt i 阅读全文
posted @ 2023-07-03 11:50 Bonjour_! 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年6月29日
摘要: 1. 多线程返回值的获取 点击查看代码 ``` import argparse import os from pickle import FALSE import threading import shutil import datetime import json import time impo 阅读全文
posted @ 2023-06-29 15:02 Bonjour_! 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑