07 2023 档案
最长蛋白序列和最长转录本提取
摘要：#### 1. 第一种数据格式为protein.fa（translated.fa） 和 gene.gtf文件，序列信息如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230731150638409-1442956648 阅读全文
posted @ 2023-07-31 16:08 Bonjour_! 阅读(492) 评论(0) 推荐(0) 编辑
blast 流程记录
摘要：##### 1. 对小鼠的蛋白序列进行建库 点击查看代码 ``` makeblastdb -in Mus_musculus.GRCm39.pep.all.fa -dbtype prot -parse_seqids -out ./mm.blast.db/index ``` ##### 2. 将自己的物 阅读全文
posted @ 2023-07-18 13:52 Bonjour_! 阅读(26) 评论(0) 推荐(0) 编辑
类别变量采用卡方检验。连续变量采用双因素方差分析检验
摘要：类别变量采用卡方检验。连续变量采用双因素方差分析检验 阅读全文
posted @ 2023-07-18 13:51 Bonjour_! 阅读(24) 评论(0) 推荐(0) 编辑
for i in $(cat name.txt);do mv ${i}_* ${i} done
摘要：for i in $(cat name.txt);do mv ${i}_* ${i} done https://www.jianshu.com/p/c9da06d451b9 点击查看代码 ``` fs = list.files('./GSE136001_RAW/',pattern = '^GSM') 阅读全文
posted @ 2023-07-18 13:51 Bonjour_! 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R -批量修改文件名，并移动文件到其它文件夹
摘要：### 1. 10x下机的三个文件名不符合下游分析的格式，如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230712142943527-16164620.png) ### 2. 需要整理成如下的格式 ![](http 阅读全文
posted @ 2023-07-12 14:32 Bonjour_! 阅读(219) 评论(0) 推荐(0) 编辑
scanpy 去批次pipeline
摘要：### 1. 脚本主要内容 * 批量读取下机数据 * 计算双细胞比例 * BBKNN去除批次效应 * 去除细胞周期的影响 * 转换为seurat对象 ### 2. 脚本 点击查看代码 ``` import scanpy as sc import anndata as an import pandas 阅读全文
posted @ 2023-07-06 15:02 Bonjour_! 阅读(449) 评论(0) 推荐(0) 编辑
sbatch 提交jupyter
摘要：点击查看代码 ``` #!/bin/bash #SBATCH -p Batch2 #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 1 #SBATCH -c 1 #SBATCH --job-name=jupyter #SBATCH --output=jupy.out #SBATCH --error=j 阅读全文
posted @ 2023-07-06 14:22 Bonjour_! 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
分面火山图--分别展示top25的基因
摘要：点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra 阅读全文
posted @ 2023-07-04 17:17 Bonjour_! 阅读(45) 评论(0) 推荐(0) 编辑
hotspot
摘要：点击查看代码 ``` import argparse import scanpy as sc import hotspot import numpy as np import mplscience import matplotlib import matplotlib.pyplot as plt i 阅读全文
posted @ 2023-07-03 11:50 Bonjour_! 阅读(50) 评论(0) 推荐(0) 编辑




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