随笔分类 - R
R 脚本Trycatch在for循环中的使用记录
摘要：点击查看代码 x = list() p = list() outdir = paste0(getwd(),'/8.metabolites.connect.enrichment') if(dir.exists(outdir)){ print("dir exists") }else{ dir.creat
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最长蛋白序列和最长转录本提取
摘要：#### 1. 第一种数据格式为protein.fa（translated.fa） 和 gene.gtf文件，序列信息如下 ;do mv ${i}_* ${i} done
摘要：for i in $(cat name.txt);do mv ${i}_* ${i} done https://www.jianshu.com/p/c9da06d451b9 点击查看代码 ``` fs = list.files('./GSE136001_RAW/',pattern = '^GSM')
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R -批量修改文件名，并移动文件到其它文件夹
摘要：### 1. 10x下机的三个文件名不符合下游分析的格式，如下  ### 2. 需要整理成如下的格式  #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra
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try catch
摘要：点击查看代码 ``` tryCatch(libray(xx),warning = function(w){print("出现警告")}, error=function(e){print("出现错误")}, finally={ print("导入ggplot2包") library(ggplot2)
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将不同长度的list 转变为data.frame
摘要：点击查看代码 ``` as.data.frame(t(sapply(msigdbr_list, "[", i = 1:max(sapply(msigdbr_list, length))))) ```
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cellchat 创建对象报错 data = input.data 换成 input.data
摘要：
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一次解决 每次新建jupyter需要libraryR包
摘要：每次加载R包让人很烦 可以cd到R/etc/ ,vim Rprofile.site，并写入 点击查看代码 .First <- function(){ library(data.table) library(Seurat) library(dplyr) library(ggplot2) library
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lapply(.packages(all.available = TRUE), function(xx)library(xx,character.only = TRUE))
摘要：lapply(.packages(all.available = TRUE), function(xx)library(xx,character.only = TRUE))
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拆分不平衡列表
摘要：点击查看代码 library(splitstackshape) new.data = cSplit(marker4,"V1",";","long", makeEqual = FALSE)
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ggtree 绘制 scRNA-seq 细胞聚类圈图
摘要：图片参考：郭老师的nc 点击查看代码 library(Matrix) library(Matrix.utils) library(plyr) library(dplyr) library(Seurat) library(sctransform) library(igraph) library(fac
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预后因子鉴定
摘要：点击查看代码 #!~/soft/miniconda3/envs/py3/bin/Rscript #加载R包 suppressPackageStartupMessages(library(data.table)) suppressPackageStartupMessages(library(rtrac
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非参物种富集分析
摘要：点击查看代码 #!~/soft/miniconda3/envs/py3/bin/Rscript 需要修改 ############## 非模式生物 go kegg 富集分析 ######################## ## 1. 参考链接：https://zhuanlan.zhihu.com/
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关于安装R包Scissor报错的踩坑之路
摘要：###一点感悟 前两天师兄让我安装Scissor(作用：寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义)。但是实验室的集群总是报错，终于还是解决了。 ####报错内容： ####解决办法： 点击查看代码 #下载好github上的R包，再unzip 解压缩； #通过本
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