集群上mpi的使用

mpi跑程序，需要每个节点都安装吗？

不需要的，是通过设置节点共享目录：

/home，/opt，/share等。

The classic NFS approach to a shared directory is to export a directory from the master node to the compute nodes.

http://www.admin-magazine.com/HPC/Articles/Building-an-HPC-Cluster

 

实现方式有OpenMPI, mpich，以及intel MPI，后者还支持gcc。

mpicc -v (instead of --version)可以显示当前的mpi版本和icc版本。

mpicc -show可以看出mpicc只是对gcc或icc的一个包装。

“有的计算机厂商，也会针对旗下机型特点，自主开发基于MPICH的MPI软件，从而使机器的并行计算效率得以提高。”说的就是各种超算机器和intel吧。

yhrun(srun)其实跟mpirun一样的效果。

 

openmpi可以直接运行程序：

http://mpitutorial.com/tutorials/mpi-hello-world/

例子hello_world.c，发现mpirun可以识别真正的物理核心。

mpirun -np 13 -f host_file ./mpi_hello_world

其中host_file:

compute-0-1

compute-0-2

会发现除了调用compute-0-1,还会调用compute-0-2，<＝12的时候不调用compute-0-2。

mpirun -np x 中的x可以大于线程数目，系统会在一个逻辑核心上再虚拟出多个线程：

https://stackoverflow.com/questions/5797615/mpi-cores-or-processors

 

mpirun的程序./mpi_hello_world是用同一个版本的mpicc编译的。