DNA 匹配

脱氧核糖核酸即常说的DNA,是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为:A、G、C、T。

DNA携带的遗传信息可以用形如:AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性。

为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现的偏差是(理论上,对每个碱基被复制时,都可能出现偏差):

  1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为:AGT

2. 错码,例如把 AGGT 复制成了:AGCT

3. 重码,例如把 AGGT 复制成了:AAGGT


如果某DNA串a,最少要经过 n 次出错,才能变为DNA串b,则称这两个DNA串的距离为 n。

例如:AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

你的任务是:编写程序,找到两个DNA串的距离。


【输入、输出格式要求】

用户先输入整数n(n<100),表示接下来有2n行数据。

接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。(每行数据长度<10000)

程序则输出n行,表示这n组DNA的距离。

例如:用户输入:
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

则程序应输出:
1
1
2

 

 1 #include<stdio.h>
 2 #include<string.h>
 3 
 4 char a[110];
 5 char b[110];
 6 int dp[110][110];
 7 
 8 int main()
 9 {
10     int i,j,t,n,m;
11     scanf("%d",&t);
12     while(t--)
13     {
14         scanf("%s%s",a,b);
15         n=strlen(a);
16         m=strlen(b);
17         memset(dp,0,sizeof(dp));
18         for(i=0;i<=n;i++)
19             dp[i][0]=i;
20         for(i=0;i<=m;i++)
21             dp[0][i]=i;
22         for(i=1;i<=n;i++)
23             for(j=1;j<=m;j++)
24             {
25                 if(a[i-1]==b[j-1]) dp[i][j]=dp[i-1][j-1];
26                 else 
27                 {
28                     dp[i][j]=dp[i-1][j]+1<dp[i][j-1]+1?dp[i-1][j]+1:dp[i][j-1]+1;
29                     dp[i][j]=dp[i][j]<dp[i-1][j-1]+1?dp[i][j]:dp[i-1][j-1]+1;
30                 }
31             }
32             printf("%d\n",dp[n][m]);
33     }
34     return 0;
35 }

 

posted @ 2013-05-29 21:22  萧凡客  阅读(1475)  评论(4编辑  收藏  举报