用scikit-learn学习BIRCH聚类

　　　　在BIRCH聚类算法原理中，我们对BIRCH聚类算法的原理做了总结，本文就对scikit-learn中BIRCH算法的使用做一个总结。

1. scikit-learn之BIRCH类

　　　　在scikit-learn中，BIRCH类实现了原理篇里讲到的基于特征树CF Tree的聚类。因此要使用BIRCH来聚类，关键是对CF Tree结构参数的处理。

　　　　在CF Tree中，几个关键的参数为内部节点的最大CF数B，叶子节点的最大CF数L，叶节点每个CF的最大样本半径阈值T。这三个参数定了，CF Tree的结构也基本确定了，最后的聚类效果也基本确定。可以说BIRCH的调参就是调试B,L和T。

　　　　至于类别数K，此时反而是可选的，不输入K，则BIRCH会对CF Tree里各叶子节点CF中样本的情况自己决定类别数K值，如果输入K值，则BIRCH会CF Tree里各叶子节点CF进行合并，直到类别数为K。

2. BIRCH类参数

　　　　在scikit-learn中，BIRCH类的重要参数不多，下面一并讲解。

　　　　1) threshold:即叶节点每个CF的最大样本半径阈值T，它决定了每个CF里所有样本形成的超球体的半径阈值。一般来说threshold越小，则CF Tree的建立阶段的规模会越大，即BIRCH算法第一阶段所花的时间和内存会越多。但是选择多大以达到聚类效果则需要通过调参决定。默认值是0.5.如果样本的方差较大，则一般需要增大这个默认值。

　　　　2) branching_factor：即CF Tree内部节点的最大CF数B，以及叶子节点的最大CF数L。这里scikit-learn对这两个参数进行了统一取值。也就是说，branching_factor决定了CF Tree里所有节点的最大CF数。默认是50。如果样本量非常大，比如大于10万，则一般需要增大这个默认值。选择多大的branching_factor以达到聚类效果则需要通过和threshold一起调参决定

　　　　3）n_clusters：即类别数K，在BIRCH算法是可选的，如果类别数非常多，我们也没有先验知识，则一般输入None，此时BIRCH算法第4阶段不会运行。但是如果我们有类别的先验知识，则推荐输入这个可选的类别值。默认是3，即最终聚为3类。

　　　　4）compute_labels：布尔值，表示是否标示类别输出，默认是True。一般使用默认值挺好，这样可以看到聚类效果。

　　　　在评估各个参数组合的聚类效果时，还是推荐使用Calinski-Harabasz Index，Calinski-Harabasz Index在scikit-learn中对应的方法是metrics.calinski_harabaz_score.

3. BIRCH运用实例

　　　　这里我们用一个例子来学习BIRCH算法。完整代码参见我的github:https://github.com/ljpzzz/machinelearning/blob/master/classic-machine-learning/birch_cluster.ipynb

　　　　首先，我们载入一些随机数据，并看看数据的分布图：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
from sklearn.datasets.samples_generator import make_blobs
# X为样本特征，Y为样本簇类别， 共1000个样本，每个样本2个特征，共4个簇，簇中心在[-1,-1], [0,0],[1,1], [2,2]
X, y = make_blobs(n_samples=1000, n_features=2, centers=[[-1,-1], [0,0], [1,1], [2,2]], cluster_std=[0.4, 0.3, 0.4, 0.3], 
                  random_state =9)
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], marker='o')
plt.show()

　　　　输出图如下：

　　　　现在我们用BIRCH算法来聚类，首先我们选择不输入可选的类别数K，看看聚类效果和Calinski-Harabasz 分数。

from sklearn.cluster import Birch
y_pred = Birch(n_clusters = None).fit_predict(X)
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=y_pred)
plt.show()
from sklearn import metrics
print "Calinski-Harabasz Score", metrics.calinski_harabaz_score(X, y_pred)

　　　　输出图如下：