PKU1080--Human Gene Functions(基因相似度，动态规划)

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GCC

983B

2009-01-09 08:57:52

对字符串的最后一位分析，分三种情况：（第一个字符串有n位，第二个字符串有m位）

1）n位和m位匹配+前面子串的最优值（第一个基因的前n-1位，第二个基因的前m位）

2）第一个基因的最后一位（即n位）与‘-’匹配+前面子串的最优值（第一个基因的前n-1位，第二个基因的前m位）

3）第二个基因的最后一位（即m位）与‘-’匹配+前面子串的最优值（第一个基因的前n位，第二个基因的前m-1位）

核心代码：

best[i][j]=max(best[i-1][j-1]+table[atod(a[i])][atod(b[j])],best[i-1][j]+table[atod(a[i])][4],best[i][j-1]+table[4][atod(b[j])]);

初始化工作：

for(i=1;i<=lena;i++)
  best[i][0]=best[i-1][0]+table[atod(a[i])][4];
 for(i=1;i<=lenb;i++)
  best[0][i]=best[0][i-1]+table[4][atod(b[i])];

其中table记录的是题目所给的基因函数的表格。

代码如下：

 

#include<stdio.h>
#define max(a,b,c) ((a>b?a:b)>c?(a>b?a:b):c)
char a[105],b[105];
int best[105][105],lena,lenb;
int table[5][5]={{5,-1,-2,-1,-3},
                {-1,5,-3,-2,-4},
                {-2,-3,5,-2,-2},
                {-1,-2,-2,5,-1},
                {-3,-4,-2,-1,0}};
char temp[5]={'A','C','G','T','-'};
int atod(char c)
{
    int i;
    for(i=0;i<5;i++){
        if(temp[i]==c)
            return i;
    }
    return -1;
}
void input()
{
    scanf("%d %s",&lena,&a[1]);
    scanf("%d %s",&lenb,&b[1]);
}
void process()
{
    int i,j;
    best[0][0]=0;
    for(i=1;i<=lena;i++)
        best[i][0]=best[i-1][0]+table[atod(a[i])][4];
    for(i=1;i<=lenb;i++)
        best[0][i]=best[0][i-1]+table[4][atod(b[i])];
    for(i=1;i<=lena;i++)
        for(j=1;j<=lenb;j++)
            best[i][j]=max(best[i-1][j-1]+table[atod(a[i])][atod(b[j])],best[i-1][j]+table[atod(a[i])][4],best[i][j-1]+table[4][atod(b[j])]);
    printf("%d\n",best[lena][lenb]);
}
int main()
{
    int caseno;
    scanf("%d",&caseno);
    while(caseno--){
        input();
        process();
    }
    return 0;
}