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批量提交作業

做量化計算時,通常要在 Linux 下的用腳本(q.sh)向 Gaussian 或 Gamess 提交作業(qsub q.sh),而且數量通常是比較大的,這時候就可以借助於腳本批量提交作業。

以 Gaussian 為例。

通常 Gaussian 的作業文件名為 *.com ,提交作業的腳本(q.sh)的前幾行如下:

 1 #!/bin/bash
 2 #PBS -N test
 3 #PBS -l nodes=1:ppn=1
 4 ##PBS -l walltime=240:00:00
 5 #PBS -j oe
 6 #PBS -V
 7 
 8 #Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test . Both of them can work.
 9 INPUT_FILE=zzz.com
10 
11 #----> enter the working directory <----

通常提交作業只需要將第 9 行的 “zzz.com” 改成具體的 Gaussian 文件的名稱。單需要提交的作業比較多時,可以新建一個腳本文件,用 sed 命令來批量提交作業,具體的代碼如下:

1 #!/bin/bash
2 
3 for file in *.com
4 do
5         echo ${file}
6         sed "9s/^.*$/INPUT_FILE=${file}/g" q.sh > ${file}.pbs.sh
7         qsub ${file}.pbs.sh
8 done

提交 Gamess 作業只要將 第 3 行的 “*.com” 改成 "*.inp" 就可以了。

posted on 2014-04-25 17:08  pam_phy  阅读(734)  评论(0编辑  收藏  举报