批量提交作業

做量化計算時，通常要在 Linux 下的用腳本（q.sh）向 Gaussian 或 Gamess 提交作業（qsub q.sh），而且數量通常是比較大的，這時候就可以借助於腳本批量提交作業。

以 Gaussian 為例。

通常 Gaussian 的作業文件名為 *.com ，提交作業的腳本（q.sh）的前幾行如下：

#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##PBS -l walltime=240:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V

#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test . Both of them can work.
INPUT_FILE=zzz.com

#----> enter the working directory <----

通常提交作業只需要將第 9 行的 “zzz.com” 改成具體的 Gaussian 文件的名稱。單需要提交的作業比較多時，可以新建一個腳本文件，用 sed 命令來批量提交作業，具體的代碼如下：

#!/bin/bash

for file in *.com
do
        echo ${file}
        sed "9s/^.*$/INPUT_FILE=${file}/g" q.sh > ${file}.pbs.sh
        qsub ${file}.pbs.sh
done

提交 Gamess 作業只要將 第 3 行的 “*.com” 改成 "*.inp" 就可以了。