public static void main(String[] args) {
  String str = "1,2,3;4,5;6,7,8,9";
  String[] s1 = str.split(";");
  
  double [][]d;
  d = new double[s1.length][];
  
  for (int i = 0; i < s1.length; i++) {
   String[]s2 = s1[i].split(",");
   d[i] = new double[s2.length];
   for (int j = 0; j < s2.length; j++) {
    d[i][j] = Double.parseDouble(s2[j]);
   }
  }
  
  for (int i = 0; i < d.length; i++) {
   System.out.println();
   for (int j = 0; j < d[i].length; j++) {
    System.out.print("   "+d[i][j]);
   }
  }
 }