blast的本地简单运行

一、软件配置

curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz

tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz

echo 'export PATH=$PATH:~/src/ncbi-blast-2.6.0+/bin'   >>  ~/.bashrc

source ~/.bashrc

二、序列比对

序列比对，顾名思义需要参考序列库，以及需要的目的基因

1、建立参考数据库

核酸库：

makeblastdb -in km233118.fa  -dbtype  nucl  

 蛋白库：

makeblastdb -in km233118.fa -dbtype  prot

 

 另一种建库方式：

makeblastdb -in km233118.fa -dbtype  nucl  -parse_seqids
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype  prot  -parse_seqids  #多加的参数好像会多生成几个文件，但是具体作用不清楚

 

2、序列比对：

blastn -db km233118.fa  -query  query.fa  -outfmt  6 (核酸序列比对核酸库)

3、序列比对的常见类型：

blastp:蛋白序列-———蛋白库

Blastx：核酸序列————蛋白库（6中读码框）

blastn：核酸序列————核酸库

tblastn：蛋白序列————核酸库

tblastx：核酸序列——核酸库，二者在蛋白质水平上的比对