测序分析软件-phred的安装
1.进入phred官网,给作者写信,获得所需的软件,大约需要两三天的时间即可收到回信。
2.根据作者的指示下载,解压相应软件。
3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统(phred自带的installtion太麻烦了)
4.新建文件夹:
mkdir phred
5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中:
mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz
6.解压文件
tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz
7.编译一下:
make
8:添加环境变量:
在home目录下:vi .bashrc添加一下三行内容:
export PATH=/home/lmt/desktop/phred:$PATH
PHRED_PARAMETER_FILE=/home/lmt/desktop/phred/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE
9:激活刚添加的环境变量:
source .bashrc
10:检验一下我们安装的Phred是否安装好了及环境变量添加好了
在任何路径下(非phred所在路径)输入一下命令:
phred -help
如果安装正确,路径添加正确,就会出现phred的用法提示。
11:安装完成。