【软件使用】利用image J测定叶面积
叶面积，是计算比叶面积的必要数据，也是非常重要的植物功能性状。Image J是一款开源的图像分析软件，广泛应该在生命科学的各领域。
1、文件准备。
首先把文件备份到新的路径下，利用脚本或者手动以样本编号重命名。
2、软件准备。
自行下载Image J安装（绿色版软件，下载后解压缩即可运行）
下载地址
https://imagej.nih.gov/ij/download.html
参考手册
http://qixinbo.info/2018/09/09/imagej-ui-menu-analyze/
http://www.sohu.com/a/258669833_170798
3、导入图片。
打开Image J，导入图片序列，依次从菜单选择File – Import—Image Sequence，参数Scale设置为50% （避免内存占用过多，如果一次处理的图片比较少就不用），我们本次使用文件扫描后的原始图片dpi为300。
4、改为灰度图。
设置图片格式为8-bit，依次选择Image-Type-8bit。
5、调整阈值。
依次选择Image – Adjust –Threshold，点击Apply到如图。
6、设置空间比例。依次点击Analyze – Set Scale 。
分辨率单位dpi指的是每英寸所打印的点数，因为1英寸(in)=25.4毫米(mm)，同时我们的分辨率300dpi = 300 pix per in，则300 pix / 25.4mm = 11.811 pix/mm，因为我们之前缩放了50%，所以 5.9055 pix/mm。
7、计算大小。
依次点击Analyze -> Analyze particles，导出保存结果。
Size可以设置100或者更大起始，以过滤非目标的小杂质；因为我们的叶子不是圆形，Circularity 的最大值可以设置的小一些；Exclude on edges可以去除边界的非目标，但扫描时需要注意叶片不能接触边界；show可以选择Outlines看一下计算是否正确。由于我们的扫描叶片数（count）是非常明确的，所以可以依次来检查匹配是否正确。
