Windows10 安装 Ubuntu 16.04LTS 双系统及fsl/freesurfer/matlab 软件安装全流程（小白踩坑汇报）（更新）
由于使用需求，我最近打算给自己的电脑装一个Windows10 + ubuntu16.0.4 双系统，来处理一下影像数据，作为第一次安装双系统的小白，在安装的过程中遇到了很多问题，最后通过多方查找和尝试，终于全都解决了，觉得这是一次很宝贵的学习经验，特别写了这篇帖子来分享给大家。
注：本贴情况不一定适用于所有电脑和系统，仅供参考！
先说下电脑配置：机械革命Z2 intel I7处理器 集显+GTX1060显卡（就是这块显卡坑了我好久） 16G双通道内存 硬盘额外插了一块512G SSD
我安装的时候参考了很多帖子，有些步骤这些大神们写的非常详细，我会贴一下链接，把自己认为重要的点来说明一下。
1.安装Ubuntu16.04双系统：
1）准备
①Windows硬盘准备：首先要在自己的硬盘里划出一款区域来给新系统使用，要注意的是，硬盘分区做到压缩卷就行了，不要点新加卷，不然安装时不会被识别为空闲盘。
②Ubuntu安装U盘：准备一个大于8G的U盘，最好是3.0传输，使用rufus来制作启动U盘。
③EasyBCD：来进行安装后系统引导。
此处可参考https://www.cnblogs.com/Duane/p/5424218.html 写的非常详细！~
2）开始安装
首先重启，进入本机BIOS系统，设置U盘启动。
可参考：http://www.windows7en.com/it/40714.html 介绍是联想电脑，其他电脑同理，不同电脑开机时进入BIOS的快捷键不同，我的是F2，也可能是F8 F10 F12等等 如果不清楚可以去查一下自己电脑型号的快捷键
另外，Boot里面的Secure Boot 改为 DISABLED 否则可能会导致Ubuntu系统一些驱动用不了报错
改完之后F10保存，重启。
重启之后应该会直接进入安装，或者需要按一下快捷键（我的是F10）来选择启动，启动安装程序
（此处步骤是装所有系统共同的步骤）
第一个坑：
注意！！如果你的电脑里装的是NVIDIA的独显，此时可能会（或者一定会）卡在LOGO界面，然后没有反应，无法进入安装界面。
解决办法：
网上查了一下，就是显卡驱动的问题，十分普遍。此时需要重新启动，在选择了启动U盘之后，进入Ubuntu安装系统之前，按下shift 或Esc，进入启动设置界面。出现四个选项：
1，try Ubuntu without install
2, install Ubuntu
3, OEM install(for manufacturers)
4, check disc for defects
上下移动光标到2.install Ubuntu上，然后按e，进入grub界面，（如果按E没有反应，可能你的界面是图形界面，需要把光标移动到intstall Ubuntu上，按键盘F6，出现命令行）找到：
quiet splash --- 或者 quiet splash $vt_handoff
替换成
quiet splash $vt_handoff acpi_osi=linux nomodeset （注意空格）
注意：不同显卡要改的内容不同，自己只尝试了NVIDIA的，其他的没有试过
（"acpi_osi=linux nomodeset"注意中间一个空格(nVidia显卡)
"acpi_osi=linuxi915.modeset=1"或"acpi_osi=linuxi915.modeset=0"注意中间一个空格(Intel显卡)
"acpi_osi=linuxxforcevesa"或"acpi_osi=linuxradeon.modeset=0xforcevesa"注意中间一个空格(amd显卡)
然后按 F10，保存并进入系统就可以开始安装。（图形界面命令行直接回车）
安装流程依然是参考了https://www.cnblogs.com/Duane/p/6776302.html 安装的时候尽量断网 。请大家注意分盘的时候，选择的是之前在Windows下分出的那块盘，标记为空闲，容量比当时分出的容量大一些。
合理分配好/boot ,/ ,/home 和 swap的空间。然后确定。 我分出了100个G，其中boot 1G，/ 30G，/home 65G，剩下的给swap。之后的步骤按上述连接进行即可。然后重启。进入Windows系统，然后依上述教程设置系统引导，将刚安装的Linux加入引导，这样开机时就可以选择Ubuntu系统了。
安装之后重启，选择Linux系统进入。
登陆刚刚设置好的账户，进入Ubuntu系统桌面。
第二个坑：
注意：这个时候我们是在启动的时候选择使用集显进入系统的，NVIDIA显卡和系统的冲突依然存在，比如在点击系统设置、或者在图形界面选择关机时，系统会直接卡死，没有任何反应，也打不开tty终端，只能强关重启。（贼坑。。。别点。。。其他的卡死姿势没有试，试不起。
如果确实需要进入设置界面，输入
unity-control-center --overview
如果需要关机
sudo shutdown
重启
sudo reboot
别手贱去点。。。
后来试了一下，连命令行调设置和关机都会卡。。看来这一个强关是省不了的。。。）
解决办法：
这个时候要安装显卡驱动，来解决这个问题，因为我们是新装的系统，原来是没有驱动的，所以省去了卸载原来驱动的这一步，至于如何卸载原来的驱动，可以去网上自行查找。安装驱动的方法我看了好多教程，感觉对于小白来说还是有些复杂，然后我就找到了一个自动下载驱动的办法：
打开终端，输入下面的命令：
sudo ubuntu-drivers autoinstall
即可安装。
或者：invidia -smi
顺便更新一下其他软件包（防止后面WIFI连不上等问题）
sudo apt update && sudo apt upgrade
这个过程可能需要一点时间，网速快的话也比较快。
第三个坑：
安装完显卡驱动后，此时就解决了显卡和系统冲突的问题了，但是先不要急着重新启动，如果当时大家看了别的教程，使用超级用户权限修改过grub文件，这个时候要把它改回来，否则安装完会出现在登陆界面无限循环登陆的问题。。解决：https://blog.csdn.net/kingthon/article/details/81151843
解决办法：
这个时候就要把之前修改的grub文件改一下，
1、修改grub.cfg文件的权限，在终端中输入sudo chmod +w /boot/grub/grub.cfg 将文件的权限改成可写的；
2、输入sudo gedit /boot/grub/grub.cfg 对文件进行编辑后保存
(修改内容：ctrl+F 搜索 splash，把后面的quiet splash $vt_handoff acpi_osi=linux nomodeset 里的nomodeset 删掉，剩下linux，然后保存)
3、输入sudo chmod -w /boot/grub/grub.cfg将文件的权限改回只读的
重启。这个时候应该就没啥问题了。随便点吧！
注意：这个时候可能有人会发现，进入Windows系统后，系统时间相比Ubuntu早了8个小时，而且Ubuntu是正确的，关于这个问题的解决，可以参考https://blog.csdn.net/zyqblog/article/details/79318955
我是使用了windows下命令提示符解决的问题，大家随意选择。
2.安装fsl/freesurfer：
可完全参考大神教程：https://www.jianshu.com/p/4db8227cbb81 顺便安利一下他所在公司 思影科技的数据处理课程，种类繁多，干货满满。
注意的地方：我的根目录下只分配了30G，如果大家的根目录也没有这么大来装这两个软件的话，完全可以放在自己的home目录下，只需要注意一下在配置环境变量的时候，把路径改为自己自定义的路径即可。
另外教程中提到的安装后可能遇到的问题，我全部都遇到了，所以建议大家安装后把里面所有命令行都输一遍，防止以后报错找不到原因。
安装完成后，可以在终端输入fsl,fslview等命令查看是否成功。
3.安装matlab
我安装的是matlab2016a，
链接：https://pan.baidu.com/s/1tXKFt1eGQtdeQhJNjO-XTg
提取码：b7lz
安装教程可以参考，https://blog.csdn.net/qq_32892383/article/details/79670871 虽然差了一个版本，但是安装过程几乎完全一样。随后也可以将matlab添加到环境变量，以后可以直接在终端启动啦
要注意的是教程中的路径是可以自己自定义的，自己安装时改成自己对应的路径即可~
4.卸载Ubuntu系统
可参考https://www.jianshu.com/p/d49711f05c2e，注意一定要完整做完教程中的三步，直接从磁盘管理器里删掉Ubuntu的磁盘会导致Windows也进不去。
三步：
第1步：打开EasyBCD，点击编辑引导菜单，右键选中Ubuntu系统并删除。
第2步：打开BCD部署，在分区中选中win的C盘，确保MBR配置选项和图片一致，点击编写MBR，编写成功之后重启系统，此时就会发现直接进入Win10系统了。
第3步：打开磁盘管理，右键选中Ubuntu系统所在分区，选择删除卷，使其恢复空闲状态（绿色），后续可以重新装Ubuntu系统，或者右键点击新建卷把该分区重新划分为Win的一个盘。
至此，我们的用于处理数据的Ubuntu就装好啦，非常感谢网上的大神写下的帖子，不然我不可能成功。因为我还是个小白，很多地方也不明白，如果有错误，请大家不吝批评指正，欢迎一起学习交流！
