使用R绘制Venn Diagram
R中有很多绘制venn diagram的函数,包括limma中的vennDiagram,gplot中的venn,不过这两种函数的缺点是
1. 非彩色
2. 不能够按照比例绘制
venneuler函数绘制出来的图不够精细,而且只是显示出集合的名称,没有写明各子集、交集都是多少数量。
搜索半天,终于发现R中有一种不错的文氏图绘制函数:
VennDiagram!
首先install.packages('VennDiagram')安装即可
然后
setwd('') #你需要的目录
library('VennDiagram')
VD = venn.diagram(width=4000,margin = .07,
x = list(HM450K_All_Probes = Probes_HM450k_All,
DMR_Probes_EDRN_HM27k = Probes_Suh_DMR,
Top20k_Varied_Probes_TCGA = Probes_TopVar_HM450K,
DMR_Probes_TCGA = Probes_TCGA_DMR_450K
),
col = 'black',
filename = 'VennDiagram_for_DMR_probes.tiff',
fill = c('green','yellow', 'blue','red'))
VD = venn.diagram(width=4000,margin = .07,
x = list(HM450K_All_Probes = Probes_HM450k_All,
DMR_Probes_EDRN_HM27k = Probes_Suh_DMR,
Top20k_Varied_Probes_TCGA = Probes_TopVar_HM450K,
DMR_Probes_TCGA = Probes_TCGA_DMR_450K
),
col = 'black',
filename = 'VennDiagram_for_DMR_probes.tiff',
fill = c('green','yellow', 'blue','red'))
注意事项:
1. 最好作图前设置好目录,图片不会在R中出现,而是直接储存在目录中;因此,file那么一定要填写
2. venn.diagram数据所需格式为list
posted on 2013-03-02 02:17 Forever_YCC 阅读(7466) 评论(0) 编辑 收藏 举报