Python&R语言-rpy2安装

前言

  Python编程灵活方便，R的模型方法众多，如何将两者结合起来，发挥更大的作用，值得探索。

  Python中可以直接调用R，利用R中的函数对数据进行处理。Rpy2提供了一个从Python到R的底层接口，使得Python可以很直接调用R中的包和函数进行数据分析。

  以下将从window和linux两种不同的操作系统入手，简述rpy2的安装方法。

目录

  • 1.win环境rpy2安装

  • 2.linux环境rpy2安装

1. win环境下rpy2安装

  • 1、首先要安装R和Python

    配置好R软件的环境，修改环境变量，在系统变量和用户变量中添加或修改：（以我的电脑中R的安装路径为例）

      Path：添加R.dll的路径 如：C:\Program Files\R\R-3.2.0\bin\i386
  R_HOME:R的安装路径    如：C:\Program Files\R\R-3.2.0\bin
  R_USER:R的使用路径    如：C:\Program Files\R\R-3.2.0\bin\x64
  【 安装须知：
  		如果没有指定环境变量R_USER会报错(如果发现系统中没有R_USER需要新建)
  		R_USER （后测试发现给这个变量随意指定路径就ok） C:\Program Files\R\R-3.2.0\bin\x64
  		使用R Shell操作界面查看username，命令为： Sys.info()
  		最后，添加环境变量R_USER后OK
  】

    配置好Python软件的环境，修改环境变量，在系统变量和用户变量中添加或修改：（以我的电脑中Python的安装路径为例）

      需要添加如下环境变量路径：
  C:\Program Files\Anaconda3
  C:\Program Files\Anaconda3\Scripts
  C:\Program Files\Anaconda3\Library\bin
  C:\Program Files\Anaconda3\Lib\site-packages\rpy2

  • 2、下载Python非官方Rpy2安装包（下载的是.whl文件，我的电脑是windows64bit 的，所以我下载了rpy2‑2.8.5‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl）

  • 3、使用pip安装下载的.whl文件【点击见python包安装方法】

    • 下载get-pip.py，使用以下命令安装pip：（关于pip可以参考文档：Installation -- pip 6.1.1 documentation）

        1. cmd 进入python shell操作界面
  2. Python> get-pip.py  【运行get-pip.py脚本】

    • 使用安装好的pip来安装.whl文件（关于这一步可以参考文档：安装下载的 .whl 文件）

        1. cd path(rpy2‑2.8.5‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl)   【进入rpy2‑2.8.5‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl文件所在的路径】
  2. pip install rpy2‑2.8.5‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl  【pip install 方法安装】

  • 4、在python运行环境中测试是否安装成功，引入rpy2包：

      	>>>
  	>>> import rpy2
  	>>>

2. linux环境下rpy2安装

  • 1.linux下R语言安装注意事项：

    • a) R编译的过程中，必须选择--enable-R-shlib 选项，将R编译成lib模式，在此模式下，会生成path-to-R/lib/libR.so库；同时，需要确保同目录下libRblas.so、libRlapack.so两个链接库也被正确生成，这两个库默认会生成，如果没有，需要添加参数：--enable-BLAS-shlib --with-blas --with-lapack 。如果不编译生成libR.so，rpy2就无法正确编译。

    • b) R安装完成之后，如果安装到个人路径下，需要添加四个环境变量到配置文件中：

        export R_HOME=path-to-R
  export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library
  export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  export PATH=$R_HOME/bin:$PATH

  其中比较容易漏掉的是PATH和LD_LIBRARY_PATH，如果是用root安装，可能会没有问题，如果安装到个人目录下，不添加这两个变量的话，就无法正确寻找需要的动态链接库；R_LIBS的作用是rpy2中调用安装的R包时，根据该变量寻找对应的包；

  • 2.linux下python语言安装注意事项：

      python编译安装之前，必须要先安装sqlite-devel，否则会报找不到_sqlite模块的错误信息，如果是已经安装好的python，则需要安装sqlite-devel库之后，重新安装python；

  • 3.确保以上三点没有问题之后，rpy2安装就比较简单了，直接使用：

      >>>
  >>> pip install rpy2
  >>>

    最引入rpy2包，如果不报错，则安装成功。

      >>>
  >>> import rpy2
  >>>

  • 4.安装完成后，想要从python中使用R函数和方法，设置各自的环境变量非常重要，以下为我的机器linux下的环境变量设置。（vim .bash_profile）

      # User specific environment and startup programs
  PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin:/opt/node/v0.10.28/bin:/opt/node/v0.10.28/lib/node_modules:/usr/local/python34/bin
  export R_HOME=/usr/local/lib64/R
  export R_LIBS=/usr/local/lib64/R/library
  export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  export PATH=$HOME/bin:$R_HOME/bin:$PATH

参考资料

posted @ 2017-02-06 23:49  银河统计  阅读(2957)  评论(1)  编辑  收藏  举报