使用mummer做两个genomes的dotplot

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记录一下mummer做dotplot的过程：

1.下载mummer，官网在http://mummer.sourceforge.net/ 再配环境变量，也可以直接apt-get install mummer。

　　如果要画图还要安装gnuplot, libx11-dev包。

2.将需要比对的两个fasta文件(A.fasta, B.fasta)放到新建的目录下，然后用nucmer -maxmatch -c 100 A.fasta B.fasta -p result

　　将得到all-all的比对文件result.delta。

　　之所以用nucmer是因为我的两个序列同源性较高，而且每个fasta是个multisequences的文件，包括多个scaffolds。

　　这个地方一定需要注意的是：原始fasta的header格式要对，而且一定换行符要对。因为windows下是\n\r的，所以在win下生成的文件到linux下会不识别。所以win的序列需要用ue做dos到unix的转换。否则会报no alignment data to plot 的错误。

3.下面可以做多种分析，我这次只画dotplot，所以mummerplot -large -fat(or -l) -nocolor -postscript -p dotplot result.delta

　　因为scaffolds有点多，图里面的grids太密了。但貌似没有选项可以删（也许在gnuplot里，不过没研究过，时间紧张算了），所以拷回来用win改吧。

4.输出为dotplot.ps文件。

　　可以在win下用corelDraw或者Ai修改（我的corelDraw显示有问题，所以先用Ai改的）。

 

2015.12.16备注：nucmer 的 -l -c 参数对于比较短的匹配可以有一个过滤，如果杂点太多可以将它调大