mongodb底层存储和索引原理——本质是文档数据库，无表设计，同时wiredTiger存储引擎支持文档级别的锁，MMAPv1引擎基于mmap，二级索引（二级是文档的存储位置信息『文件id + 文件内offset 』）
MongoDB是面向文档的数据库管理系统DBMS（显然mongodb不是oracle那样的RDBMS，而仅仅是DBMS)。 想想一下MySQL中没有任何关系型数据库的表，而由JSON类型的对象组成数据模型的样子是如何的？
值得注意的是，MongoDB既不支持JOIN（连接）也不支持transaction(事务)。Significantly, MongoDB supports neither joins nor transactions.
但是请注意MongDB有着大量其他优良的特性，如二级索引、功能丰富的查询语言以及对每一个单个文档文件的原子写保证以及完全一致性的读取。
MongoDB
一、存储引擎（Storage）
mongodb 3.0默认存储引擎为MMAPV1，还有一个新引擎wiredTiger可选，或许可以提高一定的性能。
mongodb中有多个databases，每个database可以创建多个collections，collection是底层数据分区（partition）的单位，每个collection都有多个底层的数据文件组成。（参见下文data files存储原理）
wiredTiger引擎：3.0新增引擎，官方宣称在read、insert和复杂的update下具有更高的性能。所以后续版本，我们建议使用wiredTiger。所有的write请求都基于“文档级别”的lock，因此多个客户端可以同时更新一个colleciton中的不同文档，这种更细颗粒度的lock，可以支撑更高的读写负载和并发量。因为对于production环境，更多的CPU可以有效提升wireTiger的性能，因为它是的IO是多线程的。wiredTiger不像MMAPV1引擎那样尽可能的耗尽内存，它可以通过在配置文件中指定“cacheSizeGB”参数设定引擎使用的内存量，此内存用于缓存工作集数据（索引、namespace，未提交的write，query缓冲等）。
MMAPv1引擎：mongodb原生的存储引擎，比较简单，直接使用系统级的内存映射文件机制（memory mapped files），一直是mongodb的默认存储引擎，对于insert、read和in-place update（update不导致文档的size变大）性能较高；不过MMAPV1在lock的并发级别上，支持到collection级别，所以对于同一个collection同时只能有一个write操作执行，这一点相对于wiredTiger而言，在write并发性上就稍弱一些。对于production环境而言，较大的内存可以使此引擎更加高效，有效减少“page fault”频率，但是因为其并发级别的限制，多核CPU并不能使其受益。此引擎将不会使用到swap空间，但是对于wiredTiger而言需要一定的swap空间。（核心：对于大文件MAP操作，比较忌讳的就是在文件的中间修改数据，而且导致文件长度增长，这会涉及到索引引用的大面积调整）
为了确保数据的安全性，mongodb将所有的变更操作写入journal并间歇性的持久到磁盘上，对于实际数据文件将延迟写入，和wiredTiger一样journal也是用于数据恢复。所有的记录在磁盘上连续存储，当一个document尺寸变大时，mongodb需要重新分配一个新的记录（旧的record标记删除，新的记record在文件尾部重新分配空间），这意味着mongodb同时还需要更新此文档的索引（指向新的record的offset），与in-place update相比，将消耗更多的时间和存储开支。由此可见，如果你的mongodb的使用场景中有大量的这种update，那么或许MMAPv1引擎并不太适合，同时也反映出如果document没有索引，是无法保证document在read中的顺序（即自然顺序）。3.0之后，mongodb默认采用“Power of 2 Sized Allocations”，所以每个document对应的record将有实际数据和一些padding组成，这padding可以允许document的尺寸在update时适度的增长，以最小化重新分配record的可能性。此外重新分配空间，也会导致磁盘碎片（旧的record空间）。
Power of 2 Sized Allocations：默认情况下，MMAPv1中空间分配使用此策略，每个document的size是2的次幂，比如32、64、128、256...2MB，如果文档尺寸大于2MB，则空间为2MB的倍数（2M,4M,6M等）。这种策略有2种优势，首先那些删除或者update变大而产生的磁盘碎片空间（尺寸变大，意味着开辟新空间存储此document，旧的空间被mark为deleted）可以被其他insert重用，再者padding可以允许文档尺寸有限度的增长，而无需每次update变大都重新分配空间。此外，mongodb还提供了一个可选的“No padding Allocation”策略（即按照实际数据尺寸分配空间），如果你确信数据绝大多数情况下都是insert、in-place update，极少的delete，此策略将可以有效的节约磁盘空间，看起来数据更加紧凑，磁盘利用率也更高。
内存映射存储引擎：MongoDB目前支持的存储引擎为内存映射引擎。当MongoDB启动的时候，会将所有的数据文件映射到内存中，然后操作系统会托管所有的磁盘操作。
备注：mongodb 3.2+之后，默认的存储引擎为“wiredTiger”，大量优化了存储性能，建议升级到3.2+版本。
摘自：http://shift-alt-ctrl.iteye.com/blog/2255580
数据文件
在MongoDB的数据文件夹中（默认路径是/data/db）由构成数据库的所有文件。每一个数据库都包含一个.ns文件和一些数据文件，其中数据文件会随着数据量的增加而变多。所以如果有一个数据库名字叫做foo，那么构成foo这个数据库的文件就会由foo.ns，foo.0，foo.1，foo.2等等组成。数据文件每新增一次，大小都会是上一个数据文件的2倍，每个数据文件最大2G。这样的设计有利于防止数据量较小的数据库浪费过多的空间，同时又能保证数据量较大的数据库有相应的空间使用。
MongoDB会使用预分配方式来保证写入性能的稳定（这种方式可以使用–noprealloc关闭）。预分配在后台进行，并且每个预分配的文件都用0进行填充。这会让MongoDB始终保持额外的空间和空余的数据文件，从而避免了数据增长过快而带来的分配磁盘空间引起的阻塞。
数据存储及索引——更多可以看 http://lib.csdn.net/article/mongodb/53951 recordID本质上是位置信息是『文件id + 文件内offset 』
插入新文档时，MongoDB 会调用底层KV引擎存储文档内容，并生成一个 RecordId 的作为文档的位置信息标识，通过 RecordId 就能在底层KV引擎读取到文档的内容。
如果插入的集合包含索引（MongoDB的集合默认会有_id索引），针对每项索引，还会往底层KV引擎插入一个新的 key-value，key 是索引的字段内容，value 为插入文档时生成的 RecordId，这样就能快速根据索引找到文档的位置信息。
如上图所示，集合包含{_id: 1}, {name: 1} 2个索引
- 用户插入文档时，底层引擎将文档内容存储，返回对应的位置信息，即 RecordId1
- 集合包含2个索引
- 插入 {_id: ObjectId1} ==> RecordId1 的索引
- 插入 {name: "rose"} ==> RecordId1 的索引
有了上述的数据，在根据_id访问时文档时 （根据其他索引字段类似）
- 根据文档的 _id 字段从底层KV引擎读取 RecordId
- 根据 RecordId 从底层KV引擎读取文档内容
摘自：https://toutiao.io/posts/9oxdop/preview
