【UVa】760 DNA Sequencing 
  1 #include<cstdio>
  2 #include<cstring>
  3 #define MAXN 660
  4 char s[MAXN];
  5 int wa[MAXN],wb[MAXN],wv[MAXN],ws[MAXN];
  6 int sa[MAXN],height[MAXN],rk[MAXN];
  7 inline bool cmp(int *r,int a,int b,int L)
  8 {
  9     return r[a]==r[b]&&r[a+L]==r[b+L];
 10 }
 11 void SA(int n,int m)
 12 {
 13     int i,j,p,*x=wa,*y=wb,*t;
 14     for(i=0;i<m;i++)
 15         ws[i]=0;
 16     for(i=0;i<n;i++)
 17         ws[x[i]=s[i]]++;
 18     for(i=1;i<m;i++)
 19         ws[i]+=ws[i-1];
 20     for(i=n-1;i>=0;i--)
 21         sa[--ws[x[i]]]=i;
 22     for(j=p=1;p<n;j<<=1,m=p)
 23     {
 24         for(p=0,i=n-j;i<n;i++)
 25             y[p++]=i;
 26         for(i=0;i<n;i++)
 27         {
 28             if(sa[i]>=j)
 29                 y[p++]=sa[i]-j;
 30         }
 31         for(i=0;i<m;i++)
 32             ws[i]=0;
 33         for(i=0;i<n;i++)
 34             ws[wv[i]=x[y[i]]]++;
 35         for(i=1;i<m;i++)
 36             ws[i]+=ws[i-1];
 37         for(i=n-1;i>=0;i--)
 38             sa[--ws[wv[i]]]=y[i];
 39         for(t=x,x=y,y=t,x[sa[0]]=0,p=i=1;i<n;i++)
 40             x[sa[i]]=cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++;
 41     }
 42 }
 43 void Height(int n)
 44 {
 45     int i,j,k;
 46     for(i=1;i<=n;i++)
 47         rk[sa[i]]=i;
 48     for(i=k=0;i<n;height[rk[i++]]=k)
 49         for(k?k--:0,j=sa[rk[i]-1];s[i+k]==s[j+k];k++);
 50 }
 51 bool OK(int n,int len,int mid)
 52 {
 53     int i,j;
 54     for(i=1;i<=n;i++)
 55     {
 56         if(height[i]>=mid)
 57         {
 58             for(j=i;j<=n&&height[j]>=mid;j++)
 59             {
 60                 if(sa[j-1]<len&&sa[j]>len||sa[j-1]>len&&sa[j]<len)
 61                     return true;
 62             }
 63             i=j-1;
 64         }
 65     }
 66     return false;
 67 }
 68 int main()
 69 {
 70     int n,len,low,high,mid,i,j,k;
 71     bool first=true;
 72     while(~scanf(" %s",s))
 73     {
 74         if(first)
 75             first=false;
 76         else
 77             putchar('\n');
 78         len=strlen(s);
 79         s[len]='#';
 80         scanf(" %s",s+len+1);
 81         n=strlen(s);
 82         SA(n+1,'z'+1);
 83         Height(n);
 84         for(low=0,high=n;low<high;)
 85         {
 86             mid=(low+high)>>1;
 87             if(OK(n,len,mid))
 88                 low=mid+1;
 89             else
 90                 high=mid;
 91         }
 92         low--;
 93         if(low)
 94         {
 95             for(i=1;i<=n;i++)
 96             {
 97                 if(height[i]>=low)
 98                 {
 99                     for(j=i;j<=n&&height[j]>=low;j++);
100                     for(k=i;k<j;k++)
101                     {
102                         if(sa[k-1]<len&&sa[k]>len||sa[k-1]>len&&sa[k]<len)
103                             break;
104                     }
105                     if(k!=j)
106                     {
107                         for(k=sa[i];k<sa[i]+low;k++)
108                             putchar(s[k]);
109                         putchar('\n');
110                     }
111                     i=j-1;
112                 }
113             }
114         }
115         else
116             puts("No common sequence.");
117     }
118     return 0;
119 }
posted on 2012-07-11 11:50  DrunBee  阅读(750)  评论(0)  编辑  收藏  举报