差异表达分析用到的一些代码

 

 

滤除小于RPKM小于10的基因 

> frame2<-subset(frame,(lxl1>10)&(lxl2>10)&(lxl3>10)&(lxl4>10)&(lxl5>10)&(lxl6>10),select = list:lxl6) 

 以下为引用：

http://blog.sina.com.cn/s/blog_62b37bfe0101f4h0.html 

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利用R进行数据子集的选取和行（列）数据的移除

subset()函数

对于移除某行数据，可以用subset()函数，也可以下标运算，对象可以是向量、矩阵和数据框。以矩阵为例，利用下标进行数据删除时，常常进行的是整行或者整列的删除，默认情况下按列删除。

   > x<-data.frame(matrix(1:30,nrow=5,byrow=T))

   > new.x1<-x[-c(1,4)]     #去除第一和第四列

   > new.x1<-x[-c(1,4),]    #去除第一和第四行

>  new.x1<-x[,-c(1,4)]   # 去除第一和第四列

而利用subset()函数进行访问和选取数据框的数据更为灵活，subset函数将满足条件的向量、矩阵和数据框按子集的方式返回。

Subset函数的三种应用方式：

subset(x, subset, ...)                     

subset(x, subset, select, drop = FALSE, ...)    ##对于矩阵

subset(x, subset, select, drop = FALSE, ...)    ##对于数据框

x是对象，subset是保留元素或者行列的逻辑表达式，对于缺失值用NA代替。

Select 是选取的范围，应小于x。
> x<-data.frame(matrix(1:30,nrow=5,byrow=T))

> rownames(x)=c("one","two","three","four","five")

> colnames(x)=c("a","b","c","d","e","f")

> x

> new<-subset(x,a>=14,select=a:f)

> new                            ## 从a到f列选取a>14的行。

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