差异表达分析用到的一些代码
滤除小于RPKM小于10的基因
> frame2<-subset(frame,(lxl1>10)&(lxl2>10)&(lxl3>10)&(lxl4>10)&(lxl5>10)&(lxl6>10),select = list:lxl6)
以下为引用:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_62b37bfe0101f4h0.html
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利用R进行数据子集的选取和行(列)数据的移除
subset()函数
对于移除某行数据,可以用subset()函数,也可以下标运算,对象可以是向量、矩阵和数据框。以矩阵为例,利用下标进行数据删除时,常常进行的是整行或者整列的删除,默认情况下按列删除。
>
而利用subset()函数进行访问和选取数据框的数据更为灵活,subset函数将满足条件的向量、矩阵和数据框按子集的方式返回。
Subset函数的三种应用方式:
subset(x, subset, ...)
subset(x, subset, select, drop = FALSE, ...)
subset(x, subset, select, drop = FALSE, ...)
x是对象,subset是保留元素或者行列的逻辑表达式,对于缺失值用NA代替。
Select
> x<-data.frame(matrix(1:30,nrow=5,byrow=T))
> rownames(x)=c("one","two","three","four","five")
> colnames(x)=c("a","b","c","d","e","f")
> x
> new<-subset(x,a>=14,select=a:f)
> new
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